Luego del hallazgo del cuerpo en el río Chubut y antes de que la familia Maldonado confirmara que se trataba de Santiago, la fiscal de la causa Susana Ávila requirió que la autopsia se realice bajo el Protocolo modelo para la investigación legal de ejecuciones extralegales, arbitrarias y sumarias, conocido como el Protocolo de Minnesota.
"Las ejecuciones que se sospeche que son extralegales, arbitrarias o sumarias pueden investigarse con arreglo al derecho nacional o local, vigente y culminar en procedimientos penales. Sin embargo, en algunos casos los procedimientos de investigación pueden resultar inadecuados debido a la falta de recursos y conocimientos o a que el organismo encargado de realizar la investigación puede ser parcial. De ahí que sea menos probable que prosperen esos procedimientos penales", reza el documento en la introducción.
Este procedimiento, elaborado por la ONU en 1991 y orientado a casos en los que se investigan crímenes de lesa humanidad o en los que exista presunción de ejecución por parte de agente del estado, busca evitar que los funcionarios sospechados puedan actuar o influir en la investigación.
En este sentido, el protocolo recomienda que se constituya una comisión investigadora independiente, con recursos y facultades suficientes, así como la posibilidad de recurrir a la ayuda de expertos internacionales en ciencias jurídicas, médicas y forenses.
El documento describe que los investigadores "deben contar con personal técnico y administrativo idóneo así como con acceso a asesoramiento jurídico imparcial para garantizar que la investigación producirá pruebas admisibles" además de "recibir la plenitud de recursos y facultades de los gobiernos".
Además, incluye un modelo de autopsia y otro modelo de exhumación y análisis de restos óseos, para que sea seguido no sólo por los profesionales que las realicen, sino también por las partes involucradas, los periodistas, la ciudadanía y en general todos los observadores, con el fin de aumentar la transparencia del proceso.
Los principios fundamentales de toda investigación viable sobre las causas de la muerte son competencia, minuciosidad, oportunidad e imparcialidad de la investigación derivados de los párrafos 9 y 11 de los Principios. Esos elementos pueden adaptarse a cualquier sistema jurídico y deben orientar todas las investigaciones de ejecuciones supuestamente extralegales, arbitrarias o sumarias.
La primera versión del Protocolo fue elaborada en 1991 bajo el título de Manual de la ONU para la prevención efectiva y la investigación de ejecuciones extralegales, arbitrarias y sumarias, que acompañó a los Principios de la ONU sobre prevención efectiva y la investigación de ejecuciones extralegales, arbitrarias y sumarias, aprobado dos años antes Desde entonces el Protocolo ha sido revisado en sucesivas ediciones.
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