
Las diferencias entre la Contraloría General de la República y el Ministerio Público volvieron a quedar expuestas por el avance de investigaciones vinculadas al manejo de fondos públicos.
El nuevo episodio surgió después de que el contralor Anel “Bolo” Flores cuestionara la falta de resultados visibles en el caso Panama Ports Company (PPC), mientras la Procuraduría respondió que mantiene una investigación de más de 360 tomos.
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Flores aseguró durante una entrevista con TVN Noticias que ha transcurrido más de un año sin observar movimientos del Ministerio Público en el caso de la concesión portuaria.
El funcionario expresó además la frustración de los auditores que preparan los informes y posteriormente los entregan a la Fiscalía, porque considera que transcurre demasiado tiempo sin que se conozcan resultados de algunas investigaciones.

La Procuraduría respondió mediante un comunicado en el que defendió el rigor que deben mantener las investigaciones antes de llegar a los tribunales. Recordó que su función consiste en recopilar elementos de convicción y presentar las solicitudes correspondientes, mientras las medidas cautelares, detenciones provisionales, arrestos domiciliarios y sentencias son decisiones que competen a los jueces del Órgano Judicial.
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Sobre Panama Ports, la Fiscalía Superior de Causas de Alta Complejidad señaló que el expediente supera los 360 tomos e incluye análisis técnicos y asistencias internacionales. El Ministerio Público agregó que solicitó a la Contraloría una ampliación de auditoría como elemento adicional para continuar las pesquisas y que ese insumo permanece pendiente de ser recibido por los fiscales.
La investigación se originó después de que la Contraloría comenzara en enero de 2025 una auditoría financiera y de cumplimiento sobre Panama Ports Company, concesionaria de los puertos de Balboa y Cristóbal.
El 7 de abril de ese año, Flores presentó públicamente resultados preliminares que señalaban una posible lesión patrimonial superior a $1.200 millones vinculada a la concesión.
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El actual intercambio revive una discusión que ya había enfrentado públicamente a Flores y al procurador Luis Carlos Gómez Rudy. El 14 de junio de 2025, el contralor pidió mayor rapidez en investigaciones relacionadas con Panama Ports, los auxilios económicos del Ifarhu y la descentralización paralela, después de que su institución remitiera informes y expedientes relacionados con esos casos.
La respuesta de la Procuraduría llegó ese mismo 14 de junio y colocó el problema en la dirección contraria: aseguró que tenía 225 auditorías pendientes de recibir de la Contraloría. El Ministerio Público sostuvo entonces que esos insumos técnicos eran necesarios para investigaciones sobre delitos contra la administración pública y defendió la necesidad de construir expedientes capaces de superar posteriormente el escrutinio judicial.
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Las diferencias reaparecieron el 2 de octubre de 2025, cuando Gómez Rudy advirtió que la demora de las auditorías podía convertirse en una “cortapisa” para investigaciones por peculado y enriquecimiento injustificado.
El procurador indicó que se habían solicitado alrededor de 252 auditorías relacionadas con juntas comunales y que unas 35 habían llegado hasta ese momento al Ministerio Público.
Flores manejaba entonces una cifra distinta y afirmaba que la Contraloría había remitido aproximadamente 52 auditorías relacionadas con investigaciones sobre juntas comunales por posibles irregularidades con fondos de descentralización.

El intercambio evidenció diferencias no solo sobre los tiempos de respuesta, sino también sobre la cantidad de informes entregados y su papel dentro de los procesos penales.
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La tensión alcanzó otro nivel el 9 de abril de 2026, cuando Flores, el subcontralor Omar Castillo y otros funcionarios acudieron a la Fiscalía Anticorrupción mientras tres auditores rendían entrevistas dentro de una investigación por enriquecimiento injustificado contra el exvicepresidente José Gabriel Carrizo.
La diligencia no concluyó y el Ministerio Público abrió una investigación a partir de una denuncia presentada por una fiscal superior Anticorrupción.
La Contraloría rechazó al día siguiente la versión de que hubiera existido una irrupción o interferencia en las actuaciones que desarrollaba la Fiscalía. Según la institución, Flores acudió porque los auditores llevaban más de ocho horas siendo entrevistados y existía preocupación sobre las condiciones de la diligencia, por lo que su presencia buscaba conocer la situación de los funcionarios de la entidad fiscalizadora.
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El episodio continuó en los tribunales. El 6 de mayo de 2026, la magistrada María Eugenia López Arias, actuando como juez de garantías, validó mediante control posterior videos de seguridad solicitados por Gómez Rudy.
Las grabaciones corresponden al 9 de abril y muestran la llegada de Flores, Castillo y otros funcionarios al edificio donde funcionan varios despachos del Ministerio Público, incluida la Fiscalía Anticorrupción.
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