La recombinación de variantes del SARS-CoV-2, en la mirada de los científicos

A principios de febrero, se emitió una primera alerta desde los Estados Unidos, durante una conferencia informada por la revista New Scientist, sobre una recombinación de una variante “inglesa” con otra local, pero sin confirmación desde entonces. A un virus “híbrido”, como resultado surgido de la variante B.1.1.7 altamente transmisible descubierta en el Reino Unido y B.1.429 que se originó en California, se creyó responsable de una ola de casos en Los Ángeles dada una mutación mas resistente a algunos anticuerpos.

Ahora, el equipo responsable de la secuenciación y su análisis, el consorcio COG-UK, reveló en el sitio especializado Virological.org las primeras 11 recombinaciones de la historia de este joven virus, divididos en cuatro grupos, con cada uno dos o tres representantes idénticos. También se describen otros cuatro híbridos “putativos” presentes en una única copia.

¿Qué son estas mutaciones combinadas?

Son parte de un ciclo biológico. Como sus antecesores, son formas de incrementar la diversidad genética, en este caso de un virus, y, por lo tanto, de obtener diferentes comportamientos más adecuados a su entorno y sobrevivir. Las recombinaciones, según explican los especialistas, son quimeras, hechas de dos segmentos de genomas unidos y tomados de dos líneas diferentes del SARS-CoV-2. También podrían explicarse como la creación de un virus a partir de otros dos.

El aviso, como pasó con las primeras variantes, llegó desde el Reino Unido. Los investigadores del consorcio COG-UK explicaron que todos estos cambios tienen bits de secuencia de la variante identificada a finales de 2020 en Inglaterra, denominada “B.1.1.7” o “501Y.V1”. El resto se compone de dos líneas “antiguas”. A principios de febrero, se había dado una primera alerta desde Estados Unidos, sobre un “mix” entre la variante “inglesa” con otro “californiana”.

En su momento, Bette Korber, del Laboratorio Nacional de Los Álamos en Nuevo México en Estados Unidos, y responsable de este hallazgo, fue la descubridora de lo que iba a ser la primera mutación combinada de los dos genomas desde que comenzó la pandemia del coronavirus.

A diferencia de la mutación normal, donde los cambios se dan una a la vez, que es como surgieron variantes “británica”, “sudafricana” o “brasileña”, la recombinación puede unir múltiples mutaciones en la misma oportunidad. La mayoría de las veces, estos no confieren ninguna ventaja al virus, pero en ocasiones sí.

Según François Balloux del University College London, la recombinación “puede ser de gran importancia evolutiva”, incluso muchos consideran que es la forma en que se originó el SARS-CoV-2.

Algo normal y frecuente

La recombinación es una característica frecuente y bien documentada de la evolución molecular de los coronavirus, dice el trabajo publicado. La recombinación probablemente ocurre en todos los individuos infectados, pero en casi todos los casos la recombinación será entre genomas casi idénticos (descendientes del pequeño grupo de virus que establecieron la infección).

Recordando que los murciélagos albergan, sin riesgo, una gran cantidad de coronavirus, para Hubert Laude, médico veterinario, pionero en la investigación del coronavirus, los SARS-CoV-2 “son campeones en la recombinación intergenómica, al que le gusta recombinarse dentro de ellos para adquirir nuevas funciones”.

Estas “copias” tienen lugar cuando una enzima, la polimerasa, “lee” la hebra de ARN viral uniéndose a ella para emularla. Este proceso puede salir mal, con una polimerasa ralentizándose, deteniéndose y tomando otra hebra para copiar, agregando esta nueva secuencia a la anterior.

“El SARS-CoV-2 tiene un genoma más largo que otros virus, lo que aumenta las posibilidades de accidentes. Su polimerasa también es menos “apretada” en las hebras “, agrega Bruno Canard, director de investigación del Centro Nacional de Investigación Científica (CNRS), en la Universidad de Aix-Marsella, y recoge el diario francés “Le Monde”.

¿Hacia dónde se dirige COVID-19?

El fenómeno no es extraño. Las recombinaciones son frecuentes, hasta el punto de que es indudablemente por este mecanismo que apareció una de las proteínas clave del SARS-CoV-2, la espícula. Del análisis del genoma del pangolín se halló que un extremo de su espícula había sido adquirido por recombinación; sin embargo explicar, a pesar de la similitud, la adaptación y el pasaje a lo humano, no es tan claro.

Pero sólo un fino análisis estadístico permite distinguir cuál sería el resultado de una acumulación de mutaciones. Los investigadores ingleses descartan errores en su análisis. Las recombinaciones se pueden hacer muy bien in vitro, durante las diversas etapas de la secuenciación, que amplifican y rompen los genomas. Sin embargo, la detección de estos recombinantes en diferentes laboratorios, y con cortes exactamente en el mismo lugar de las secuencias, les permite tener confianza en su identificación. Hasta el punto de que no dudan en “adelantarse” al descubrimiento, sugiriendo ya bautizar a estos mutantes añadiendoles la letra X.

Para que existan recombinaciones, debe haber coinfecciones, es decir, una célula del mismo individuo está infectada con dos cepas diferentes al mismo tiempo. Si bien la detección de ejemplos claros de genomas recombinantes de SARS-CoV-2 en el Reino Unido es una consecuencia de la distinción de los linajes involucrados y de la vigilancia genómica intensiva en el país, la frecuencia de coinfección estará en función de la incidencia y el linaje co -circulación en una región.

“Dado que varios países están experimentando impactos tan fuertes como los del Reino Unido a finales de 2020, predecimos que las recombinaciones se detectarán con más frecuencia si se mantienen los intensos esfuerzos de secuenciación”, describe el trabajo británico.

“Se esperaba la llegada de los recombinantes, pero no tendrá consecuencias inmediatas en la trayectoria de la epidemia” , aseguran los investigadores en el artículo. Los reemplazos por ‘nuevas copias” son principalmente el resultado de una replicación propensa a errores, y no se espera que tengan efectos, la mayoría de los eventos de recombinación son simplemente el resultado de los procesos dentro del “hospedador” que ocurren en cada infección.

Finalmente, el estudio sostiene que esta recombinación probablemente ocurre en todos los individuos infectados, pero en casi todos los casos la recombinación será entre genomas casi idénticos. Su rareza aboga por la ausencia de un personaje más transmisible, por ejemplo. Sin embargo, el mismo documento reconoce que una recombinación también puede mutar y generar una variante problemática, lo que hace a la observación y análisis central para posibles recalibraciones de las vacunas creadas.

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