
En medio de la intervención ordenada por el Gobierno Nacional, la Nueva EPS inició un proceso de auditoría integral para revisar más de 14,5 millones de facturas médicas cuyo valor total supera los $15 billones de pesos, una cifra que, según los entes de control, podría estar en el centro de uno de los mayores desórdenes contables del sistema de salud en el país.
El anuncio fue realizado por la agente especial interventora, Gloria Libia Polanía Aguillón, quien explicó que los hallazgos iniciales detectados por la Contraloría General de la República y la Superintendencia Nacional de Salud evidenciaron “una de las principales causas del desorden contable y financiero de la EPS”.
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“Lo que antes se ocultaba en la opacidad y la falta de control hoy se revisa con transparencia, rigor técnico y respaldo institucional”, afirmó Polanía, al presentar oficialmente el plan de revisión.
Revisión de facturas desde 2019 hasta la fecha
La auditoría cubrirá las facturas emitidas desde 2019 hasta 2025, con el fin de reconstruir la trazabilidad de los pagos, verificar el respaldo de cada cuenta médica y depurar la información contable.

De acuerdo con Nueva EPS, estas cuentas no habían pasado por procesos formales de auditoría, lo que generó un vacío en los registros contables y dificultó conocer la magnitud real de las deudas con clínicas, hospitales e IPS en todo el país.
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Para ejecutar el proceso, fueron contratadas tres firmas especializadas en auditoría médica y administrativa:
- American KPO,
- ACS Aciel Colombia Soluciones Integrales S.A.S., y
- Sosalud S.A.S.
Estas empresas iniciaron operaciones el pasado 10 de noviembre, y trabajarán bajo la supervisión directa de la Superintendencia Nacional de Salud y la intervención estatal.
Petro denunció “ocultamiento sistemático” de facturas
La decisión de emprender esta auditoría se da luego de que el presidente Gustavo Petro denunciara un supuesto “ocultamiento sistemático de facturas” por parte de exdirectivos de la entidad, lo que habría impedido conocer la realidad financiera de la EPS.
El mandatario afirmó además que algunas cajas de compensación, accionistas mayoritarias de la Nueva EPS, habrían incrementado los gastos operativos en un 70%, pasando de $14 billones a $24 billones en un solo año.
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Estas declaraciones coincidieron con el informe de la Contraloría, que advirtió la existencia de 22,7 millones de facturas sin procesar, reservas subestimadas por $11,1 billones y anticipos sin legalizar que habrían pasado de $3,4 billones en 2023 a más de $15 billones en el primer semestre de 2025.

Objetivo: recuperar la confianza y sanear las finanzas
La intervención de la Nueva EPS, en cabeza de Polanía Aguillón, tiene como objetivo sanear las finanzas de la entidad, garantizar la trazabilidad de los pagos y restablecer la confianza en la administración de los recursos públicos de la salud.
“La medida busca corregir el desorden contable y la falta de control interno que afectaron la estabilidad financiera de la entidad y del sistema en general”, indicó la interventora.
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El proceso se desarrollará en paralelo con una auditoría forense, que analizará posibles irregularidades en contratación, facturación, pagos, sistemas de información e ingresos. Esta revisión cubrirá el periodo 2019–2024 y el primer semestre de 2025, y podría derivar en sanciones administrativas o denuncias penales si se detectan facturas falsas o infladas.
Una crisis que afecta a millones de usuarios
El valor auditado —$15 billones de pesos— representa una cifra significativa dentro del sistema de aseguramiento en salud, actualmente afectado por una crisis financiera estructural.
La Nueva EPS, que atiende a más de 11,7 millones de afiliados en todo el país, ha sido una de las principales entidades bajo escrutinio por el manejo de recursos públicos y deudas acumuladas con clínicas y hospitales.
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Un vocero de la entidad explicó que esta revisión integral busca garantizar la transparencia y la sostenibilidad:
“La auditoría tiene como objetivo proteger los recursos públicos y asegurar que cada peso destinado a la salud sea invertido de manera justa y verificable.”

Resultados esperados y proyecciones
Los primeros resultados de la auditoría se esperan para febrero de 2026, cuando se conocerá el estado real de la cartera y la magnitud de los pasivos. De confirmarse irregularidades, el caso podría marcar un precedente en la depuración de las cuentas del sistema de salud colombiano.
Fuentes del sector aseguran que este proceso “no solo busca detectar irregularidades, sino también corregir las prácticas que durante años afectaron la eficiencia del sistema”.
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Mientras tanto, la Nueva EPS reiteró su compromiso con la transparencia y con la recuperación de la confianza de los usuarios.
“Este es un paso necesario para sanear las finanzas y garantizar que los recursos públicos se usen de manera eficiente, transparente y en beneficio de los pacientes”, concluyó la entidad.
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