Las caries de los neandertales y otros misterios bacterianos

Los neandertales son nuestros parientes homínidos más próximos, con los que convivimos durante unos miles de años. Habitaron Europa y Asia occidental desde hace aproximadamente 230 000 años hasta su extinción definitiva hace unos 40 000 años. Eran principalmente cazadores y solían vivir en pequeños grupos de entre 15 y 30 individuos.

Convivieron con los Homo sapiens durante el Pleistoceno y, según los últimos datos genómicos, en nuestro genoma actual hay restos de ADN neandertal. Esto demuestra que nos cruzamos, en el sentido sexual de la palabra, en algún momento de la Prehistoria.

Los neandertales se extinguieron y solo nos han llegado hasta nuestros días unos pocos huesos. El registro fósil de estos humanos está representado por unos 400 individuos. De sus microbios no sabemos nada… o casi nada.

Al estudiar algunos huesos de la dentadura de los neandertales, los científicos comprobaron que algunos dientes tenían caries. Como están causadas por bacterias se les ocurrió extraer el ADN y secuenciarlo, por si tenía restos microbianos. Los resultados se publicaron en la revista Nature.

Para ello emplearon muestras de caries de cinco neandertales: dos de la cueva de El Sidrón (Asturias) en España, dos belgas y un italiano. Los resultados demostraron que en las caries dentales queda preservado el ADN microbiano. Su análisis puede darnos mucha información sobre cómo era la microbiota de nuestros antepasados.

Comprobaron que el 93 % de las secuencias eran bacterianas, el 6 % de arqueas, y el resto de microorganismos eucariotas y virus.

Fueron capaces de caracterizar hasta 222 especies de bacterias. Los grupos más frecuentes eran similares a los que nos podemos encontrar en la placa dental de los humanos modernos: actinobacterias, firmicutes, bacteroidetes, fusobacterias, proteobacterias y espiroquetas. También encontraron secuencias de bacterias que producen caries y otras enfermedades dentales, como Streptococcus mutans.

Un dato interesante es que fueron capaces incluso de secuenciar el genoma casi completo de una de las bacterias del neandertal, que han denominado Methanobrevibacter oralis subsp. neandertalensis. En otras palabras, una arquea simbionte que produce metano encontrada en la boca de un Neandertal. Han podido incluso estimar su antigüedad en unos 48 000 años. Es, por tanto, el genoma microbiano más antiguo hasta ahora secuenciado.

Las técnicas de amplificación, secuenciación y análisis del ADN son, hoy en día, una herramienta tan potente que podemos conocer hasta la composición bacteriana de la microbiota de la boca de un homínido prehistórico ya extinguido. No solo eso, sino que también podemos llegar a saber qué comían. Eso es un dato importante, porque la dieta influye en la microbiota.

¿Qué come un neandertal?

Con los datos del ADN preservado en sus dientes, los científicos determinaron la dieta de los neandertales. La de los belgas era a base de carne de rinocerontes lanudos y muflones (un tipo de cabra salvaje europea). La de los españoles era vegetariana, a base de champiñones, musgos y piñones (todavía no se habían inventado ni la cerveza belga ni la paella).

En los dientes de los neandertales de El Sidrón también han encontrado secuencias de ADN del hongo Penicillium, que produce antibióticos. Los autores lo han interpretado como que nuestros antepasado ya se medicaban hace miles de años. Teniendo en cuenta que la cueva de El Sidrón está en Asturias, bien pudiera ser que comieran queso de cabrales prehistórico.

Los investigadores también examinaron la diversidad microbiana en las muestras de los neandertales, en busca de potenciales microorganismos patógenos que fueran un signo de enfermedad.

Encontraron secuencias de un microorganismo eucariota patógeno (Enterocytozoon bieneusi) que infecta las células del epitelio intestinal y produce diarreas. Así que se demuestra que los neandertales… tenían diarrea.

También encontraron que la microbiota neandertal contenía menos bacterias gram negativas potencialmente patógenas, que son más frecuentes en los humanos modernos. Sí detectaron especies potencialmente patógenos como Neisseria gonorrhoeae, Corynebacterium diphteriae o Bordetella parapertussis, aunque no es posible asegurar si estas secuencias son en realidad de cepas similares no patógenas. Así que no podemos afirmar con seguridad que padecieran gonorrea, difteria y tos ferina, pero sí que tenían caries y diarrea, y producían metano.

Ignacio López-Goñi es catedrático de Microbiología en la Universidad de Navarra.

Publicado originalmente en The Conversation.