
La Contraloría General de la República emitió en la mañana del 9 de septiembre una alerta administrativa sobre la situación de la Nueva EPS, una de las entidades promotoras de salud más grandes de Colombia, tras un operativo de policía judicial realizado en julio de 2025. El organismo advierte que las irregularidades financieras detectadas ponen en riesgo la sostenibilidad de la entidad y la continuidad de los servicios de salud para millones de afiliados en todo el país.
El operativo incluyó el análisis de información correspondiente a los años 2022, 2023, 2024 y el primer semestre de 2025, lo que permitió a la Contraloría recaudar 4.524 archivos con datos técnicos, administrativos, jurídicos y financieros de la Nueva EPS. La intervención se realizó ante la ausencia de estados financieros certificados y la insuficiencia de los sistemas de información de la Superintendencia Nacional de Salud, lo que dificultaba la vigilancia fiscal sobre la entidad, que actualmente cubre cerca del 22% de la población afiliada al sistema de salud colombiano.
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Incremento de anticipos y riesgos para la liquidez
Entre los hallazgos principales, la Contraloría identificó un incremento significativo en los anticipos pendientes por legalizar. Entre 2023 y 2024, estos pasaron de $3,4 billones a $8,6 billones, lo que representa un aumento del 155%. Para junio de 2025, la cifra ascendió a $15,27 billones, con $6,6 billones adicionales respecto al año anterior.
Esta situación compromete la liquidez de la Nueva EPS y eleva el riesgo de un posible detrimento patrimonial, especialmente por anticipos que superan los dos años sin legalizar, cuyo valor alcanza los $143.000 millones. Además, al cierre de junio de 2025, permanecían sin legalizar $5,7 billones correspondientes a la vigencia 2024, lo que evidencia que una parte significativa de los recursos girados en ese periodo aún no cuenta con el debido soporte.
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Facturación sin auditar y concentración de riesgos
El informe también revela que la EPS mantiene una gran cantidad de facturas de servicios de salud sin auditar. De los registros entregados, existen más de 22,7 millones de facturas pendientes por un valor de $22,1 billones. Tras excluir duplicados, quedan $13,2 billones en facturas aún sin procesar. De este monto, el 37,1% corresponde a 2024 y el 59,9% al primer semestre de 2025, lo que significa que el 97% de las obligaciones reportadas no ha sido revisado por la entidad. Esta falta de verificación genera inconsistencias contables y financieras, ya que no se ha comprobado la pertinencia de los costos, el cumplimiento de los contratos ni la validez de los soportes.
Además, el 40% del valor total pendiente por procesar, equivalente a $5,2 billones, se concentra en solo 36 prestadores de una red de más de 2.700, lo que incrementa el riesgo fiscal ante posibles incumplimientos o litigios.
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Durante el operativo, la Contraloría también detectó que la Nueva EPS no cuenta con la capacidad tecnológica necesaria para garantizar la calidad de los datos sobre la gestión de los recursos de la salud, incumpliendo así las exigencias normativas para el control y procesamiento oportuno de la información.

Deficiencias en contratación y reservas técnicas
En materia de contratación, la entidad no aportó los soportes contractuales que acrediten el cumplimiento de los requisitos mínimos establecidos en el Decreto 441 de 2022 para la prestación de servicios y tecnologías en salud. En varias carpetas revisadas faltaban documentos esenciales como copias de contratos, notas técnicas y anexos, lo que impide verificar la legalidad y transparencia de los acuerdos suscritos con la red de prestadores.
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El panorama financiero se agrava con el aumento de las cuentas por pagar. Al corte de marzo de 2025, estas obligaciones sumaban $21,37 billones, una cifra que amenaza la sostenibilidad financiera tanto de la Nueva EPS como del Sistema General de Seguridad Social en Salud. De ese total, $10,5 billones corresponden a anticipos pendientes por legalizar y $8,7 billones a facturas sin procesar, lo que refleja un desequilibrio entre ingresos y egresos que podría traducirse en restricciones para la prestación de servicios y afectar la estabilidad de la entidad.
Otro aspecto crítico es la constitución de reservas técnicas, que son los fondos que la EPS debe mantener para cubrir obligaciones futuras. La Contraloría halló que, a diciembre de 2024, la Nueva EPS había subestimado este pasivo en $11,1 billones y carecía de soportes suficientes para las autorizaciones y facturas incluidas en el detalle de las reservas. Esta situación, sumada al creciente endeudamiento y la lentitud en el procesamiento de la facturación, evidencia un riesgo de deterioro progresivo de la entidad, que no se ha revertido pese a la intervención de la Superintendencia Nacional de Salud.
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Reacción de Petro
Con un sablazo a un medio de comunicación, el presidente Gustavo Petro, a través de su cuenta de X, hizo énfasis en el carácter de largo plazo de la investigación, que se remonta al 2022.
“La investigación casi judicial de la Contraloría arranca desde el 2022 y recoge las razones que llevaron a la intervención. Anticipos extraños por centenares de miles de millones, falta de reservas técnicas billonarias y medicamentos con sobrecostos. La comisión séptima decidirá si continua con su fracaso en la reforma pensional ahora repetida en la de la salud.La corte constitucional debe permitir la auditoria forense a las EPS. La justicia esta para develar el crimen”.
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