
La Contraloría General de la República emitió una alerta sobre graves irregularidades administrativas y financieras en la Nueva EPS, una de las principales Entidades Promotoras de Salud de Colombia.
Esta advertencia se produce tras un operativo de policía judicial que comenzó en 2022 y se extendió hasta el primer semestre de 2025, durante el cual se recopilaron miles de archivos con información técnica, administrativa, jurídica y financiera.
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"Caracol (Radio) no aclara, pura ‘mala leche’ que la investigación casi judicial de la contraloría arranca desde el 2022 y recoge las razones que llevaron a la intervención. Anticipos extraños por centenares de miles de millones, falta de reservas técnicas billonarias y medicamentos con sobrecostos. La comisión séptima decidirá si continúa con su fracaso en la reforma pensional, ahora repetida en la de la salud. La corte constitucional debe permitir la auditoria forense a las EPS. La justicia está para develar el crimen", afirmó Petro en su cuenta oficial de X.
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El organismo de control fiscal advierte que las anomalías detectadas involucran cifras billonarias y afectan directamente la gestión de la entidad.

El comunicado oficial, difundido el 9 de septiembre de 2025 en Bogotá, detalla que la Contraloría llevó a cabo diligencias de policía judicial en la Nueva EPS con el objetivo de recolectar información que no estaba disponible en los sistemas de la Superintendencia Nacional de Salud, ni en estados financieros certificados y dictaminados.
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Como resultado de este operativo, se recabaron 4.524 archivos que abarcan los componentes técnico, administrativo, jurídico y financiero de la entidad.
Entre las principales irregularidades identificadas, la Contraloría destaca el manejo de anticipos por montos que alcanzan centenares de miles de millones, la ausencia de reservas técnicas por valores billonarios y la existencia de medicamentos con sobrecostos.
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Además, el análisis preliminar realizado por la Dirección de Información, Análisis y Reacción Inmediata (Diari) señala problemas en la facturación, con facturas represadas sin auditar, un aumento considerable en las cuentas por pagar, falencias en la contratación de prestadores de servicios y deficiencias en la constitución de reservas técnicas, que son los fondos que las EPS deben mantener para garantizar el pago de servicios médicos futuros.

El contexto de la investigación muestra que la Contraloría inició este proceso en 2022, abarcando las vigencias de 2022, 2023, 2024 y el primer semestre de 2025.
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El operativo incluyó entrevistas, inspecciones, recolección de evidencias físicas y obtención de imágenes forenses, con el fin de obtener un panorama completo de la situación financiera y administrativa de la Nueva EPS. La falta de información certificada y dictaminada por la Superintendencia Nacional de Salud motivó la intervención directa del organismo de control fiscal.
Las reacciones políticas surgieron rápidamente. El presidente Gustavo Petro, a través de su cuenta oficial en la red social X, subrayó la gravedad de los hallazgos y la necesidad de una auditoría forense a las EPS.
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Petro cuestionó la cobertura mediática del caso y enfatizó que la investigación de la Contraloría recoge las razones que llevaron a la intervención de la entidad, mencionando específicamente los anticipos irregulares, la falta de reservas técnicas y los sobrecostos en medicamentos.
Además, el mandatario hizo referencia a la comisión séptima del Congreso, que deberá decidir sobre el rumbo de la reforma de la salud, y a la Corte Constitucional, a la que instó a permitir la realización de auditorías forenses en las EPS.
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En este escenario, la auditoría forense se plantea como una herramienta esencial para esclarecer las presuntas irregularidades y determinar responsabilidades.
Según lo expresado en el comunicado y en las declaraciones oficiales, el papel de la justicia resulta fundamental para investigar a fondo y garantizar la transparencia en el manejo de los recursos del sistema de salud.
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De este modo, el proceso judicial y de control fiscal se perfila como el mecanismo clave para exponer y sancionar cualquier conducta ilícita que haya afectado la administración de la Nueva EPS.
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