
El origen de San Juan de Aragón en la alcaldía Gustavo A. Madero, la evolución de su nombre y la presencia emblemática de la iglesia de San Juan Crisóstomo permiten comprender cómo el desarrollo social ha dado forma al actual emblemático barrio del norte de la ciudad.
Según información del portal oficial MexicoCity.cdmx.gob.mx, el territorio que hoy ocupa el pueblo de San Juan de Aragón fue, en tiempos prehispánicos, área pesquera perteneciente a los tlatelolcas. Estos obtuvieron las tierras tras la derrota de los tepanecas de Azcapotzalco hacia el año 1435, y lograron conservar los derechos sobre ellas durante décadas, no sin atravesar disputas y conflictos.
El paso a la época virreinal marcó un nuevo capítulo, cuando en 1713, el sevillano Blas López de Aragón arrendó la tierra y estableció la Hacienda de Santa Anna Aragón. Bajo su dominio, la propiedad se convirtió en una de las más significativas de la región.

En 1741, una porción del terreno de la Hacienda se separó para dar origen a la Villa de Guadalupe. Tras la independencia nacional, las estructuras hacendarias se fragmentaron y surgieron múltiples ranchos y pueblos, muchos de ellos con el apellido Aragón.
El núcleo que hoy lleva la denominación de San Juan de Aragón se formó a partir de la división de esa hacienda. El nombre del pueblo y la advocación de su iglesia datan de mediados del siglo XIX.
Durante el mandato del presidente Ignacio Comonfort, entre 1855 y 1858, el pueblo adoptó oficialmente la denominación que conserva hasta el presente y se dedicó la iglesia a San Juan Crisóstomo, convirtiéndose este santo en patrón de la comunidad.
Durante todo el siglo XX, la fisonomía de San Juan de Aragón se transformó, impulsada por la urbanización acelerada y las olas migratorias que llegaron, especialmente luego de la Segunda Guerra Mundial.

Es en este período que la zona pasó de ser agrícola a convertirse en un núcleo densamente habitado, lo que motivó la creación de espacios verdes y zonas recreativas, incluyendo el bosque y el zoológico de San Juan de Aragón, replantado durante el sexenio de Lázaro Cárdenas para acompañar el crecimiento de la población.
La tarde del 1 de junio de 2025 un excolaborador del gimnasio local identificado como José Luis “N” irrumpió armado en el Centro Pastoral de Atención a la Juventud, ubicado en la iglesia de San Jorge, tomando como rehén.
La Secretaría de Seguridad Ciudadana desplegó un operativo, evacuó a una escuela y liberó a los retenidos tras un enfrentamiento. El agresor fue abatido y un agente resultó herido, según reportó Infobae.
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