
La Contraloría General volvió a encender las alarmas sobre la situación financiera y administrativa de la Nueva EPS, entidad que desde abril de 2024 se encuentra bajo control del Estado. El organismo de control advirtió que persisten irregularidades graves, entre ellas la falta de auditorías a millones de facturas y la entrega de anticipos sin legalizar por un monto que, con corte a junio de 2025, asciende a 15,3 billones de pesos.
El panorama no es nuevo, pero sí cada vez más preocupante. Durante una diligencia de policía judicial en la que se revisaron más de 4.000 archivos, la Contraloría constató que la aseguradora carece de estados financieros certificados y dictaminados correspondientes a 2023 y 2024. En palabras de la entidad: “La Contraloría General de la República ha venido realizando labores de vigilancia y control sobre el cumplimiento de la gestión fiscal en las operaciones administrativas y financieras de los recursos públicos por parte de los diferentes actores del Sistema General de Seguridad Social en Salud, SGSSS (…) toda vez que la Nueva EPS no cuenta con los estados financieros certificados y dictaminados para las vigencias 2023 y 2024”.
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Uno de los hallazgos centrales tiene que ver con los sistemas de información. El organismo señala que los datos reportados por la Nueva EPS no cumplen con requisitos básicos de trazabilidad, consistencia y completitud. Esa deficiencia, advierte, no solo afecta la transparencia de la entidad sino que refleja un problema recurrente en el sector salud, donde resulta cada vez más difícil conocer con exactitud el destino de los recursos públicos.
En el terreno contractual, las observaciones son contundentes. La Contraloría documentó incumplimientos sistemáticos del Decreto 441 de 2022, que regula la contratación en el sistema de salud. Entre las irregularidades figuran la falta de notas técnicas, la ausencia de soportes documentales, la omisión de modalidades de pago y la no identificación de la población beneficiaria. Este vacío normativo, según el informe, facilita la opacidad, abre la puerta a sobreutilización de servicios y expone al sistema a riesgos de doble pago.
El informe también detalló cómo, entre 2022 y 2025, la Nueva EPS giró anticipos de manera reiterada a distintas IPS. El problema es que muchos de esos contratos estaban bajo la modalidad de “pago por evento”, en la que el desembolso solo puede hacerse después de la prestación del servicio. Al no cumplirse esa norma, no solo se desconoce el marco jurídico vigente, además se acumulan deudas de legalización que hoy superan los 15 billones de pesos.
A este escenario se suma la falta de auditoría a 13,7 millones de facturas, por un valor de 13,2 billones de pesos. Esa omisión genera un riesgo concreto de pérdida de recursos estatales, ya que muchas de esas facturas podrían tener glosas u objeciones que, al no resolverse, quedarían en firme y tendrían que ser asumidas directamente por la EPS.
La investigación también reveló inconsistencias entre la información que la Nueva EPS entregó a la Contraloría, la que aparece en fuentes oficiales como la Adres y los registros internos de la entidad. Las diferencias se concentran en los reportes de ingresos y en los giros a la red de prestadores, lo que aumenta las dudas sobre la veracidad de los datos.

En este contexto, el organismo de control anunció que continuará con las acciones de vigilancia. La delegada de salud de la Contraloría será la encargada de determinar los posibles daños al patrimonio público y de identificar a los responsables fiscales. Además, se advirtió que se mantendrán los requerimientos de información a otros actores del sistema, y que, de ser necesario, se recurrirá nuevamente a las facultades de policía judicial.
“En la misma vía, este órgano de control realizará requerimientos de información a los diferentes actores del sistema de salud, a través de los mecanismos ordinarios y en caso de ser necesario, se definirá la pertinencia de acudir a las facultades de policía judicial otorgadas por ley”, concluyó la Contraloría.
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