
En la década de los ochenta, la ciudad de Guadalajara vio nacer al que se considera el primer cartel moderno de narcotráfico en el país, el Cártel de Guadalajara, que a su vez generó numerosos capos infames y brutales, como Joaquín “El Chapo” Guzmán y Amado Carrillo Fuentes, el Señor de los Cielos; Héctor Luis el Güero Palma Salazar, y los hermanos Arellano Félix.
Sin embargo, a pesar de que la organización se fragmentó alrededor de 1990, la ciudad siguió siendo un refugio relativamente seguro para que los narcos vivieran y criaran a sus familias, y especialmente para el lavado de dinero. La afluencia de efectivo ayudó a Guadalajara a convertirse en la segunda capital del país y en un centro económico y cultural.
También llegó a servir como base de operaciones para Ignacio Coronel, conocido como el Rey de Cristal, uno de los principales productores y traficantes de metanfetamina para el Cártel de Sinaloa. En julio de 2010, el ejército lo abatió en una casa exclusiva en Zapopan. Poco después, varios de sus principales lugartenientes y familiares también fueron arrestados o asesinados.

La caída de Coronel provocó un terremoto en el grupo, con una facción liderada por un ex subordinado llamado Nemesio Oseguera, alias El Mencho, quien luego fundaría el Cartel Jalisco Nueva Generación (CJNG), sustituto natural del Cártel de Guadalajara, al que durante la última década se le relaciona directamente con la espiral violenta que se vive en la ciudad y el resto del estado.
La famosa Guerra contra el Narco tocó las puertas de Guadalajara el 24 de noviembre de 2011, cuando los cuerpos de 26 presuntos integrantes del CJNG fueron descubiertos en tres autos abandonados por la ciudad, firmados por Los Zetas.
Después, la violencia se extendió cuando el CJNG libró la guerra contra las autoridades estatales en un intento de hacer del estado su bastión.
El CJNG estuvo detrás del asesinato del ex secretario de turismo de Jalisco cuando conducía por un suburbio de lujo en marzo de 2013. Al año siguiente, un congresista federal de Jalisco fue secuestrado y su cuerpo calcinado.

En 2015, el CJNG intentó asesinar al jefe de seguridad pública de Jalisco, asesinó a 15 policías en uno de los días más negros para las fuerzas del orden y luego derribó un helicóptero con un lanzagranadas propulsado por cohetes en un incidente que también mató a seis soldados.
El CJNG y el Cartel de Sinaloa fueron declarados las “dos organizaciones criminales transnacionales más dominantes en México” en 2020 por la DEA, y el CJNG mantiene presencia en 23 de los 32 estados de la república.
Hasta hace relativamente poco, Guadalajara era uno de sus principales baluartes, pero en los últimos años han sido arrestados varios asociados del cártel. El hijo y la esposa de El Mencho fueron capturados en Zapopan en 2015 y 2018, respectivamente. Ahora se cree que El Mencho trasladó su principal centro de operaciones a una zona rural que se extiende entre la frontera de Jalisco y el estado de Michoacán.
Desde diciembre de 2018, Jalisco ha registrado más desapariciones que en cualquier otra región de México.
Jalisco ocupó el quinto lugar en número de homicidios en 2020.
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