
De acuerdo con el Ministerio de Justicia y del Derecho, las incapacidades médicas se dan cuando un empleado sufre alguna enfermedad o algún accidente y esto lleva a que su recuperación requiera de un tratamiento médico con descanso físico, que le imposibilita continuar con sus responsabilidades laborales.
En estos casos, la cartera precisa que la empresa o el empleador es el responsable por el pago del salario del trabajador, en los porcentajes que corresponda, a partir del tipo de incapacidad en la que se encuentre el dependiente y el tiempo que lleve en ese estado. Y es que aún estado imposibilitado para continuar con sus responsabilidades, el contrato del trabajo sigue estando vigente.
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No obstante, cabe señalar que, si el trabajador no está afiliado al sistema de seguridad social, la compañía o el empleador deberán asumir directamente el tiempo de la incapacidad. Además, la dependencia nacional justicia agregó en este ítem que:
- El empleador que haya pagado a un trabajador una incapacidad que debe ser asumida por la EPS o la ARL, podrá recobrar a esta entidad el valor pagado, o deducirlo de los aportes que deba hacerle como cotización.
- Debe saber que el pago de las incapacidades se hace de acuerdo con el Ingreso Base de Liquidación, que es el salario sobre el cual se hacen cada mes los aportes al Sistema de Seguridad Social.
“Por eso, debe tener presente que, si el pago mensual que le hace su empresa incluye ingresos no salariales como bonificaciones, primas, gastos de representación, alimentación, transporte, etc., sus cotizaciones se realizan sin tener en cuenta estas sumas, por lo que al momento de recibir pagos de incapacidades estas se calcularán sobre un monto inferior a sus ingresos en periodos normales de trabajo”, explicó la cartera.
Otros puntos para tener presentes, según información oficial de la entidad nacional, es que, durante los periodos de incapacidad, la empresa deberá seguir haciendo los aportes al Sistema de Seguridad Social, los cuales se harán tomando el valor de la incapacidad como Ingreso Base de Liquidación.
En cuanto a las incapacidades que duren más de 180 días, causadas por una enfermedad o accidente común, y que no permitan la prestación de los servicios por parte del empleado, “genera una justa causa de terminación del contrato de trabajo. Por lo tanto, el empleado puede ser despedido, con previa autorización del Ministerio de Trabajo, que verificará que el despido no constituya una discriminación hacia el trabajador por su discapacidad”.

Cabe resaltar que si la enfermedad o accidente común no supera los 180 días, y el empleado recupera su capacidad para trabajar, el empleador está obligado a reincorporarlo al cargo que desempeñaba o reubicarlo en una de las mismas condiciones.
Obligación que la EPS tiene de pagar las incapacidades laborales
Según el sitio web de Gerencie.com, toda EPS está obligada a reconocer y pagar las incapacidades laborales que han sido prescritas por sus médicos. Además, de ser un deber cuando estas incapacidades cumplen los presupuestos legales, y una vez la empresa o el trabajador independiente realice las gestiones formales necesarias.
“Recuérdese que es el empleador quien debe gestionar el reconocimiento y pago de las incapacidades laborales”, agregó.
Sin embargo, existen unos factores en los que la EPS no está obligada a pagar las incapacidades laborales, y estás so:
- Suspensión por mora en el pago de aportes: “El no pago por dos períodos consecutivos de las cotizaciones a cargo del empleador, siempre y cuando la EPS no se hubiera allanado a la mora, producirá la suspensión de la afiliación y de la prestación de los servicios de salud contenidos en el plan de beneficios por parte de la EPS”, inciso primero del artículo 2.1.9.1 del decreto 780 de 2016 - Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social.
- Cuando se ha cotizado menos de cuatro semanas: el inciso primero del artículo 2.1.13.4 de decreto 780 de 2016 precisa que, para el reconocimiento de la prestación económica por incapacidad, se requiere que los afiliados hayan efectuado cotizaciones por lo menos durante cuatro semanas.

- Incapacidades derivadas de tratamientos estéticos: de acuerdo con el inciso segundo del artículo 2.1.13.4 de decreto 780 de 2016, las EPS no tienen la obligación de pagar incapacidades laborales producto de un tratamiento estético, puesto que:
“No habrá lugar al reconocimiento de la prestación económica de la incapacidad por enfermedad general con cargo a los recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud, cuando estas se originen en tratamientos con fines estéticos o se encuentran excluidos del plan de beneficios y sus complicaciones”.
- Incapacidades de dos días o los primeros dos días de incapacidad: las EPS solo están obligadas de pagar las incapacidades laborales a partir del tercer día de incapacidad. “En consecuencia, si la incapacidad es de un día o dos, las EPS no la paga, y si es de más de tres días, no paga los primeros dos días, que debe pagarlos el empleador”, explicó el portal web de Gerencie.com.
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