El 15 de julio de 2019, el subsecretario de transportes Carlos Morán Moguel estimó que la estación Santa Fe del Tren Interurbano México-Toluca (TIMT) estaría terminada el año siguiente. El 15 de julio de 2020, el terreno donde la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) construye la estación sigue en trabajos de cimentación.
De acuerdo con el subsecretario, "con las pruebas que se tienen que realizar", la obra estará terminada en 2022. En el último reporte de avances del tramo en la Ciudad de México, con fecha de 15 de mayo de 2019, el gobierno capitalino declaró la instalación de las vigas para la estructura que comunicará la estación Santa Fe con las vialidades adyacentes. En Observatorio reportó la excavación para el armado de pilas.
El mega proyecto inició en 2015 como una iniciativa del gobierno federal para optimizar el transporte de pasajeros entre la Ciudad de México y la capital del Estado de México. Los criterios de beneficio bajo los que quedó aprobada la construcción son tanto urbanos como ambientales. De acuerdo con SCT, una disminución de tránsito vehicular entre las ciudades significaría 27 mil toneladas menos de CO2 al año y el tiempo total de transporte desde Zinacantepec hasta Observatorio está estimado en 40 minutos.
La Auditoría Superior de la Federación (ASF), en el Informe del Resultado de la Fiscalización Superior de la Cuenta Pública 2018, reportó que la SCT no realizó las pruebas necesarias para acreditar los beneficios estimados del proyecto. Entre las deficiencias de planificación señaladas destacan la falta de lineamientos presupuestales para el proyecto, la ausencia de estudios de viabilidad que determinen si el proyecto es necesario, de diagnósticos de impacto regional y la incapacidad de la Secretaría de Desarrollo Agrario, Territorial y Urbano (SEDATU) para comprobar la propiedad de todos los territorios donde se desarrollaría el proyecto.
Por otra parte, el informe destaca que el Presupuesto de Egresos de la Federación 2020 contempla la asignación de recursos federales a la obra hasta 2022. En caso de iniciar operaciones en ese año, el TIMT representaría una pérdida de 18 mmdp sobre el presupuesto original. Si el proyecto comienza a funcionar en 2024, la pérdida sería de 37 mil 700 mdp.
Las recomendaciones descritas en el informe de la ASF solicitan que las distintas entidades encargadas del proyecto realicen todas las pruebas necesarias para reanudar la construcción de un proyecto que, en papel, nunca estuvo suspendido. Una de las pruebas solicitadas es el estudio de factibilidad del proyecto, donde esté definida y respaldada la justificación del mismo, ya que existe la posibilidad de que los beneficios estimados por el gobierno federal excedieran las posibilidades reales del tren.

En cuanto a los avances reales, estos están suspendidos desde 2019 cuando SCT y transportes modificó el trazo de las vías porque no adquirió las propiedades para una parte del terreno de la construcción. Esta falla recuerda a la suspensión de obras en 2014 cuando algunas de las comunidades afectadas por la construcción del tren en el Estado de México protestaron en contra del proyecto y lograron interrumpirlo. La modificación de la ruta está limitada al primer tramo de la vía, que va del municipio de Zinacantepec, Estado de México a La Marquesa.
El segundo tramo, el Bi-túnel que cruza el cerro de las Tres Cruces, está terminado desde 2018, de acuerdo con la SCT. Por su parte, la última parte del trayecto, que llega hasta Observatorio en la Ciudad de México, está suspendida desde 2019, aunque la razón no es clara.
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