
Cuando un trabajador en Colombia enfrenta una incapacidad laboral que le impide cumplir con sus funciones, ya sea por enfermedad o accidente, el pago de su salario sigue siendo una obligación. Sin embargo, el responsable de asumir este pago varía dependiendo del origen de la incapacidad, ya sea común o laboral. Según lo establecido por el Ministerio de Justicia, existen lineamientos claros sobre cómo debe proceder el empleador y qué entidades deben asumir los costos en cada caso.
De acuerdo con el ministerio, el trabajador tiene la obligación de informar a su empleador sobre la incapacidad emitida por el médico tratante. Este documento es esencial para garantizar el cumplimiento de los derechos laborales. En caso de no presentar la incapacidad, el empleado podría ser despedido con justa causa, según lo estipula la normativa vigente.
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Incapacidades de origen común

Las incapacidades de origen común son aquellas que derivan de enfermedades o accidentes que no están relacionados con el entorno laboral. En estos casos, el empleador debe asumir el pago del salario durante los primeros dos días de incapacidad. A partir del tercer día, la responsabilidad recae sobre la Entidad Promotora de Salud (EPS), que cubrirá el 66,66% del salario del trabajador hasta los primeros 90 días de incapacidad.
Si la incapacidad se extiende más allá de los 90 días, el porcentaje de pago disminuye al 50% del salario. En caso de que el periodo de incapacidad supere los 180 días, el pago será asumido por el Fondo de Pensiones, momento en el cual se evaluará si el trabajador puede ser rehabilitado o si corresponde iniciar el trámite para una pensión por invalidez. El Ministerio de Justicia enfatiza que, independientemente del porcentaje de pago, el monto de la incapacidad no puede ser inferior al salario mínimo legal mensual vigente.
Incapacidades de origen laboral

Por otro lado, las incapacidades de origen laboral, que incluyen enfermedades o accidentes relacionados directamente con el trabajo, tienen un tratamiento diferente. Desde el primer día de incapacidad, el pago del salario debe ser asumido por la Aseguradora de Riesgos Laborales (ARL), y este corresponde al 100% del salario del trabajador.
Este pago puede extenderse hasta por 180 días, con la posibilidad de ser prorrogado por un periodo igual si el tratamiento o la rehabilitación lo requieren. Si al finalizar este tiempo el trabajador no logra recuperarse, se procederá a evaluar su grado de incapacidad para determinar si es necesario gestionar una pensión por invalidez.
Obligaciones del empleador durante el periodo de incapacidad
El Ministerio de Justicia subraya que, durante el tiempo que un trabajador se encuentre incapacitado, el contrato laboral sigue vigente. Por lo tanto, la empresa debe continuar realizando los aportes correspondientes a la seguridad social, utilizando el valor de la incapacidad como base para la liquidación.
Además, el empleador tiene la responsabilidad de gestionar el cobro de los valores pagados al trabajador ante la EPS, la ARL o el Fondo de Pensiones, según corresponda. En caso de que el trabajador no esté afiliado al sistema de seguridad social, la empresa deberá asumir directamente el costo de la incapacidad. Una vez finalizado el periodo de incapacidad, el empleador está obligado a reintegrar al trabajador a su cargo original o, si es necesario, reubicarlo en un puesto con condiciones similares.

Terminación del contrato por incapacidad prolongada
En situaciones donde la incapacidad de origen común supere los 180 días y el trabajador no pueda prestar sus servicios, el empleador tiene la posibilidad de dar por terminado el contrato laboral con justa causa. Esta disposición aplica incluso en contratos a término fijo, independientemente de que el periodo pactado haya llegado a su fin. El Ministerio de Justicia aclara que esta medida debe tomarse únicamente cuando se haya agotado el tiempo de incapacidad y no exista posibilidad de que el trabajador retome sus funciones.
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