Cómo una nueva herramienta detectó en el ADN de un chihuahua una huella genética compartida con los coyotes

Entre los millones de letras que forman el ADN de un chihuahua, un equipo de investigadores detectó una pista inesperada. Algunos fragmentos de su genoma se parecen más a los de los coyotes que a los de otros perros domésticos.

El hallazgo no identifica un cruce concreto ni permite fecharlo, pero los autores lo relacionan con la historia antigua de los perros de América.

Seguir esa huella no es sencillo. Con el paso de las generaciones, el ADN heredado se mezcla y se divide en tramos cada vez más cortos. Un fragmento transmitido por antepasados lejanos puede quedar reducido a una señal difícil de distinguir dentro de todo el genoma.

Un estudio publicado en la revista Nature Communications utilizó una herramienta llamada Gnomix para analizar esos tramos.

El programa compara regiones del ADN con genomas de referencia y estima el origen más probable de cada una. Al aplicarlo a perros, los autores encontraron en un chihuahua segmentos relacionados con coyotes.

El análisis detectó una señal de coyote en el genoma de un chihuahua

El genoma contiene toda la información genética de un organismo. Está formado por cromosomas, largas moléculas de ADN que se heredan de los progenitores.

Como cada generación combina parte del ADN de ambos padres, un cromosoma conserva una especie de mosaico de fragmentos provenientes de antepasados distintos.

La técnica empleada se conoce como inferencia de ancestría local. Consiste en examinar cada tramo del genoma para estimar a qué grupo de referencia se parece más.

No asigna identidades culturales, étnicas ni nacionales, sino que compara patrones genéticos con secuencias ya clasificadas en una base de datos.

En este caso, el sistema halló en un chihuahua tramos coincidentes con los patrones usados para identificar coyotes.

El estudio presenta esa señal como otra huella de la historia genética de los perros del continente americano. También menciona antecedentes de cruces entre perros y coyotes en culturas precolombinas.

Sin embargo, los datos no permiten afirmar cuándo se produjo esa mezcla ni qué animales participaron. Los investigadores tampoco presentan el resultado como una demostración de un cruce reciente entre un perro doméstico y un coyote.

La utilidad del método está en localizar segmentos concretos y aportar información para reconstruir procesos de mestizaje genético.

Una herramienta diseñada para reconocer fragmentos antiguos

Gnomix divide cada cromosoma en secciones y calcula para cada una cuál es su procedencia más probable. Luego revisa esas estimaciones junto con las de los tramos cercanos. Ese segundo paso ayuda a reducir errores, porque las zonas vecinas de un cromosoma suelen compartir parte de su historia hereditaria.

Los autores probaron distintas versiones del programa con genomas completos y con análisis que observan una selección de diferencias del ADN, llamadas variantes genéticas.

En los ensayos comparativos, Gnomix obtuvo la mayor precisión general o valores cercanos a los mejores entre las herramientas evaluadas, con resultados que variaron según la velocidad y el nivel de detalle de cada configuración.

Las pruebas incluyeron mezclas genéticas simuladas ocurridas hasta 100 generaciones antes. En esos ensayos, la configuración de mejor desempeño mantuvo una precisión superior al 90 %.

El dato mide el funcionamiento del método en las condiciones evaluadas por el estudio, no confirma de manera directa la antigüedad de la señal detectada en el chihuahua.

Esta capacidad es relevante porque los fragmentos heredados de antepasados remotos suelen ser breves. Cuanto más tiempo pasó desde una mezcla entre poblaciones, más difícil resulta diferenciarlos.

Los autores sostienen que el sistema puede utilizarse para estudiar la historia de poblaciones humanas y animales, siempre que existan referencias adecuadas para la comparación.

El xoloitzcuintle aportó otra pista sobre perros de América

El equipo aplicó la herramienta a 531 genomas de perros de distintas razas. En el xoloitzcuintle, una raza mexicana, encontró segmentos vinculados con perros del Ártico.

Según el estudio, esas señales pueden reflejar la presencia de ancestría asociada con perros nativos de América, ya que ambos grupos muestran similitudes genéticas.

Los fragmentos identificados en el ejemplar analizado representaron el 4,03% de su genoma. A partir de su longitud, los investigadores estimaron una mezcla ocurrida, en promedio, hace unos 306 años.

El cálculo sitúa el proceso alrededor del 1703, con un margen de 33 años, y el estudio lo asocia con la mezcla entre perros europeos y perros precolombinos en México.

El estudio no atribuye ese resultado a un episodio histórico único. La fecha surge de un modelo que relaciona el tamaño de los fragmentos con el tiempo transcurrido desde la mezcla genética.

El código de Gnomix, junto con instrucciones y modelos ya entrenados, está disponible en un repositorio público, según se detalla en el estudio.