Logran identificar en pocas horas infecciones secundarias en pacientes con COVID-19

A medida que pasa el tiempo, los estudios para enfrentar al coronavirus se perfeccionan. Ahora, investigadores británicos acaban de identificar con éxito infecciones secundarias de los pacientes de COVID-19 en cuidados intensivos en horas en lugar de días, según publican en la revista ‘Genome Medicine’.

La prueba basada en la secuenciación del ADN fue evaluada por los médicos de la unidad de cuidados intensivos (UCI) del hospital Guy’s and St Thomas’, de Londres con 34 pacientes internados en una Unidad de Terapia Intensiva durante la primera oleada pandémica de COVID-19.

El estudio, realizado en colaboración entre el Centro de Investigación biomédica NIHR del Guy’s and St Thomas’, el King’s College de Londres y el el Quadram Institute, mostró cómo esta prueba rápida garantizará que los pacientes reciban el antibiótico adecuado más rápidamente, al tiempo que minimizará las prescripciones innecesarias de antibióticos para reducir el riesgo de resistencia a los antimicrobianos. Las pruebas se evaluaron en pacientes de COVID-19 y demostraron que podían identificar tanto infecciones bacterianas como fúngicas y detectar brotes con bacterias resistentes en 24 horas.

Esta investigación puede trasladarse ahora al servicio clínico este invierno boreal para los pacientes de COVID-19 y de gripe en la UCI, a fin de demostrar todas las ventajas de la tecnología de nanoporos integrada en un entorno del NHS señalan los investigadores. Esto es especialmente importante para los pacientes con COVID-19, que son muy susceptibles de sufrir infecciones secundarias y brotes.

Cuando los pacientes en estado crítico son atendidos en la UCI, los médicos toman muestras profundas de sus pulmones. En la actualidad, estas muestras suelen enviarse a varios laboratorios donde se realizan diferentes cultivos de bacterias y hongos, además de otras complejas pruebas moleculares. Los resultados iniciales tardan de dos a cuatro días en llegar. Durante este tiempo, el paciente suele seguir un tratamiento antibiótico estándar, algunos de los cuales pueden ser innecesarios. En otros pacientes, el tratamiento puede ser ineficaz, ya que la bacteria tiene genes de resistencia a los antibióticos estándar. El profesor Jonathan Edgeworth, director del Centro de Investigación de Infecciones Clínicas y Diagnósticos (CIDR) y director médico de Viapath, que dirigió la investigación, recuerda que “tan pronto como comenzó la pandemia, los científicos se dieron cuenta de que sería beneficioso secuenciar los genomas de todas las bacterias y hongos que causan infecciones en los pacientes de COVID-19 mientras están en la UCI”.

“En pocas semanas demostramos que se puede diagnosticar una infección secundaria, orientar el tratamiento antibiótico y detectar brotes mucho antes que las tecnologías actuales, todo ello a partir de una sola muestra -prosigue--. Esto revolucionará nuestro enfoque de la prevención y el tratamiento de las infecciones graves en la UCI y ahora tenemos previsto ofrecerlo como servicio clínico para los pacientes con COVID-19 y gripe este próximo invierno”.

El nuevo servicio en el mismo día utiliza la tecnología de secuenciación Nanopore de última generación para identificar todos los patógenos bacterianos y fúngicos presentes en las muestras de los pacientes, así como los genes de resistencia presentes. Este avance permite reducir los tratamientos innecesarios y que los pacientes se beneficien de empezar antes el tratamiento adecuado. Al día siguiente, la misma prueba proporciona una secuencia genética suficiente para comparar los genomas de los patógenos con una base de datos que identifica con precisión a los pacientes portadores de la misma cepa, de modo que los brotes pueden detectarse desde el principio.

Es la primera vez que se demuestra este beneficio combinado de una sola prueba. Gordon Sanghera, director general de Oxford Nanopore Technologies, señala que “la rápida caracterización de las coinfecciones para la prescripción de precisión es un próximo paso vital tanto para los pacientes de COVID-19 como para las enfermedades respiratorias en general”.

“Este año hemos visto una respuesta increíble por parte de la comunidad investigadora que utiliza la tecnología de secuenciación de Oxford Nanopore para obtener información rápida sobre muchos aspectos de la COVID-19, desde la epidemiología genómica hasta las pruebas y ahora las coinfecciones --añade--. Es un privilegio ver una innovación tan rápida, una enorme felicitación al equipo”. Por su parte, el doctor Andrew Page, del Instituto Quadram, ha recordado que llevan siete años trabajando en la tecnología metagenómica.

“Es estupendo verla aplicada a la atención de los pacientes durante la pandemia de COVID-19, demostrando cómo una prueba puede ayudar a responder a varias preguntas clínicas --resalta--. Estamos muy contentos de que esta tecnología esté ahora en proceso de aplicación en uno de los mejores hospitales del mundo, para mejorar la gestión de los pacientes y reducir la resistencia a los antimicrobianos”.

Como conclusión, los expertos afirmaron: “Las pruebas proporcionan una detección precisa de patógenos y una predicción de la resistencia a los antibióticos en un flujo de trabajo de laboratorio el mismo día, con genomas ensamblados disponibles al día siguiente para la vigilancia genómica. La provisión de esta tecnología en un entorno de servicio podría cambiar fundamentalmente el enfoque del equipo multidisciplinario para manejar las infecciones de la UTI. El potencial para mejorar el tratamiento inicial dirigido y detectar rápidamente brotes insospechados de patógenos justifica una evaluación clínica más rápida y profunda en el futuro”.

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