Para la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y para el país es de vital importancia dicho descubrimiento científico, ya que certifica que cuentan con la capacidad y con expertos para llevar a cabo investigaciones relevantes para la salud.
El Trofeo CAMDA es el máximo reconocimiento otorgado por la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) al proyecto que logre resolver alguno de las siguientes problemáticas:
- Predecir la ciudad de origen de ciertos aislados bacterianos utilizando su perfil antimicrobiano.
- El desafío forense para identificar el origen de la ciudad utilizando los perfiles taxonómicos y funcionales obtenidos de los metagenomas.
Se trató de la primera ocasión en la que un conjunto mexicano participó en el certamen, además, México fue el único país de Latinoamérica que asistió con dos equipos. El concurso se llevó a cabo en la ciudad de Lyon, Francia el pasado 27 de julio de 2023.
El grupo contó con la intervención de matemáticos, biólogos, computólogos, entre otros especialistas y representantes del proyecto Alianza Innovación Huawei de Microbiomas de Rizósfera, además de trabajadores de empresas como C3, Amphora y Bimbo, en donde se realizan análisis de datos biológicos.
La razón fundamental que condujo al equipo multidisciplinario e interinstitucional de la UNAM a obtener el Trofeo CAMDA 2023 (Evaluación Crítica del Análisis Masivo de Datos, por sus siglas en inglés), fue proponer un método innovador para llevar a cabo la caracterización de muestras genéticas de microorganismos y su resistencia a antibióticos, colectados en distintos sistemas de transporte colectivo en el mundo.
A través de un artículo publicado por la UNAM, la experta en biomatemáticas Sélem Mojica, detalló que invitó a estudiantes de licenciatura y posgrado a participar en en un hackatón que con el apoyo del CCM y de la Sociedad Matemática Mexicana se realizó del 3 al 7 de julio del año en curso en las instalaciones del CCM.
En el hacktón se analizaron datos masivos de muestras genéticas de microorganismos, colectadas en distintos sistemas de transporte colectivo en el mundo, al igual que genomas provenientes de hospitales para investigar la resistencia de los microorganismos a los antibióticos en distintas especies.
Por medio de los resultados obtenidos lograron enviar una propuesta preliminar al comité organizador de la Conferencia Internacional de ISCB, en donde se determinó que el trabajo formaría parte de la competencia por el trofeo CAMDA de este año.
Este trabajo habría comenzado meses antes de que se realizará el hacktón, pues el punto de partida fue cuando se descargaron los datos relacionados para que uno de los estudiantes de la ENES realizará un análisis previo.
Las bases de información correspondieron a 16 ciudades de todo el mundo, entre ellas Nueva York, Tokio, Baltimore, Oakland, São Paulo y Zúrich. Mientras que algunos de los datos fueron proporcionados por la MetaSub Project, que se dedica a recolectar muestras de los tubos o pasamanos en el Metro y secuencia el ADN.
Una vez que se tiene el ADN se puede determinar que especies o géneros de microorganismos se encuentran en la muestra, con base en ello se construyeron tablas de abundancia y tablas de abundancia. Cada una de las muestras podía llegar a contener cientos o miles de microorganismos diferentes, a partir de ese punto comenzaron a aplicar técnicas estándar de ecología microbiana.
Los resultados finales indicaron que la muestra misteriosa provenía de Nueva York; sin embargo, la ciudad correcta era Baltimore. Los estudiantes mexicanos lograron identificar las dificultades de distinguir entre ambas metrópolis e hicieron una propuesta de mejora.
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