En el mundo ya hubo más de 664 millones de casos de personas diagnosticadas con el COVID desde el inicio del brote que empezó en China a fines de 2019. En ese momento, el virus que causa la enfermedad era desconocido, pero desde entonces se hicieron diferentes estudios que han permitido hacer incluso una vigilancia de su evolución.
En la Argentina, investigadores científicos que forman parte del consorcio Proyecto País, del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, desarrollaron un software con un algoritmo que permite detectar si una persona ha adquirido la infección con más de un coronavirus. Es decir, posibilita distinguir si una persona tiene diferentes variantes o sus diversos sublinajes.
Los investigadores desde 2020 empezaron a hacer secuenciación de genomas del coronavirus a partir de muestras de pacientes con COVID.
“Desarrollamos un algoritmo que permite analizar la salida cruda de la secuenciación por una de las dos tecnologías. Posibilita determinar si en esa muestra se encuentra más de una forma del coronavirus SARS-CoV-2. Puede ser que sean dos virus del mismo linaje incluso o bien por supuesto virus de distinto linajes o variantes”, explicó a Infobae Carolina Torres, coautora del trabajo e investigadora en virología de la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la Universidad de Buenos Aires y del Conicet
La investigación se publica en el número de febrero de la revista Virus Research. En el artículo, el equipo liderado por Mariana Viegas, del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, y Paula Aulicino, del Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus, que forma parte de Hospital de Pediatría Garrahan, explicaron que la secuenciación genómica del coronavirus demostró ser fundamental para la detección y la respuesta a la pandemia.
Al hacer esa secuenciación, se consigue información valiosa sobre la biología y la evolución del virus. Según la base de datos GISAID, se han generado más de 13 millones de secuencias de longitud completa del coronavirus. Esa información permite monitorear en tiempo real la diversidad genómica del SARS-CoV-2 en todo el mundo.
Entre las diferentes tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS), la de Illumina fue la más comúnmente adoptada. Representando el 80% de los genomas de SARS-CoV-2. Si bien las metodologías de secuenciación tienen una alta sensibilidad para detectar más de una población viral dentro de una muestra, no había un método estandarizado para caracterizarla.
La infección simultánea por dos linajes diferentes del SARS-CoV-2 se demostró por primera vez poco después del inicio de la pandemia en una mujer portuguesa de 17 años. Era sana y desarrolló una enfermedad grave por COVID-19.
También existen las superinfecciones por SARS-CoV-2, que suelen estar asociadas a una excreción viral prolongada y a condiciones subyacentes del huésped como la inmunosupresión.
Tanto en la co-infección como en la superinfección, la identificación de las poblaciones mixtas de los patógenos es más fácil cuando la divergencia viral es alta. Pero puede ser engorrosa de detectar en entornos de baja heterogeneidad genética.
“La identificación de coinfecciones por SARS-CoV-2 es más importante teniendo en cuenta la aparición de variantes virales con potencial escape inmunitario y mayor transmisibilidad, que la OMS ha denominado variantes de preocupación o variantes de interés, y la posibilidad de recombinación viral entre ellas”, señalaron los investigadores en el trabajo.
Los científicos entonces desarrollaron entonces “VICOS”, que significa “Vigilancia de CoInfección Viral”, consiste en un software de código abierto para analizar poblaciones mixtas en secuencias de coronavirus por la tecnología Illumina.
El software se usó para hacer un análisis de 1.097 secuencias de SARS-CoV-2 de muestras clínicas obtenidas entre marzo de 2020 y agosto de 2021. Se encontraron poblaciones mixtas de SARS-CoV-2 en el 2% de las muestras. Es decir, detectaron 23 casos de personas con COVID con dos virus SARS-COV-2 diferentes.
El porcentaje obtenido es similar al esperado según un pequeño número de estudios previos que usaron metodologías más complejas para analizar el comportamiento evolutivo del virus, aclararon.
La presencia de dos virus del mismo linaje y muy similares podría ser consecuencia de la evolución del SARS-COV-2 en el organismo hospedador. Sin embargo, la presencia de virus de distintos linajes muestra eventos de coinfección (dos virus infectan en el mismo momento) o superinfección (primero infecta un virus y antes de la cura infecta otro).
Al desarrollar el software lVICOS, los investigadores consideraron que ahora cuentan con “una herramienta novedosa, rápida y muy útil para todos los laboratorios que realizan secuenciación genómica para vigilancia epidemiológica”.
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