Cómo surgió “Deltacron”, la variante que no fue

El pasado 7 de enero, Leondios Kostrikis, profesor de Ciencias Biológicas en la Universidad de Chipre y jefe del Laboratorio de Biotecnología y Virología Molecular anunció que su grupo de investigación de la Universidad de Chipre en Nicosia había identificado varios genomas del SARS-CoV-2 que presentaban elementos de las variantes Delta y Ómicron.

A partir de ese momento decidieron ponerle el nombre de “Deltacron” y Kostrikis, junto a su equipo, cargaron 25 de las secuencias en el depósito público GISAID y, algunos días después, sumaron otras 27. En tan sólo un día el medio de noticias Bloomberg difundió lo sucedido y rápidamente Deltacron se convirtió en noticia internacional.

Sin embargo, la comunidad científica no se mostró de acuerdo con este “descubrimiento” y diferentes especialistas, se manifestaron en redes sociales y frente a la prensa. El argumento era que las 52 secuencias no apuntaban a una nueva variante, y no eran el resultado de la recombinación, el intercambio de información genética, entre virus, sino que probablemente resultaron de la contaminación en el laboratorio.

En ese sentido Krutika Kuppalli, miembro del equipo técnico COVID-19 de la Organización Mundial de la Salud con sede en la Universidad Médica de Carolina del Sur en Charleston, había tuiteado el 9 de enero “No existe tal cosa como #Deltacron. #Omicron y #Delta NO formaron una súper variante”.

Si bien algunos investigadores se mostraron satisfechos por la rápida detección de un posible error de secuencia, otros, por el contrario, indicaron que ese tipo de eventos pueden ofrecer una advertencia sobre la propagación de información errónea durante la pandemia.

La palabra de Kostrikis no tardó en llegar. El virólogo expresó que habían malinterpretado aspectos de su hipótesis original y que, a pesar del nombre que prestó a confusión, algunos medios interpretaron como que las secuencias eran las de un virus recombinante Delta-Omicron, y aclaró que nunca dijo que las secuencias representaban un híbrido de ambos.

Para sumar más controversia a su teoría, 72 horas después de que los investigadores cargaron las secuencias, Kostrikis las eliminó de la vista pública en la base de datos, en espera de una mayor investigación.

De todas maneras a Cheryl Bennett, funcionaria de la oficina de Washington DC de la Fundación GISAID, la situación no le pareció tan extraña. “Dado que se han cargado más de 7 millones de genomas de SARS-CoV-2 en la base de datos de GISAID desde enero de 2020, algunos errores de secuenciación no deberían sorprender”, dijo.

“Sin embargo, apresurarse a sacar conclusiones sobre los datos que acaban de poner a disposición los laboratorios que se encuentran bajo una presión de tiempo significativa para generar datos de manera oportuna no es útil en ningún brote”, agregó Bennett.

Cómo surgió el error en la secuencia

A partir de muestras de virus obtenidas por Kostrikis y su equipo en diciembre con el objetivo de rastrear la propagación de las variantes del SARS-CoV-2 en Chipre, se generaron las secuencias de “Deltacron”. Al examinar algunas de sus secuencias, los investigadores notaron una firma genética similar a Ómicron en el gen de la proteína de punta, que ayuda al virus a ingresar a las células.

A raíz de un mail enviado por Kostrikis a Nature se puedo conocer su hipótesis inicial que consistía en que algunas partículas del virus Delta habían evolucionado de forma independiente a mutaciones en el gen de la espiga similares a las comunes en Ómicron. Sin embargo, luego de que la noticia de Deltacron cobró relevancia en los medios, algunos científicos que trabajan en secuenciación genética y COVID-19 indicaron la posibilidad de que se hubiera tratado de un error de laboratorio.

La secuenciación de cualquier genoma depende de cebadores: fragmentos cortos de ADN fabricado que sirven como punto de partida para la secuenciación al unirse a la secuencia objetivo.

“Delta, tiene una mutación en el gen de la espiga que reduce la capacidad de algunos cebadores para unirse a él, lo que dificulta la secuenciación de esta región del genoma. Omicron no comparte esta mutación, por lo que si se mezclan partículas de Omicron en la muestra debido a la contaminación, podría hacer que el gen de pico secuenciado parezca similar al de Omicron”, dijo Jeremy Kamil, virólogo de Louisiana State University Health Shreveport y agregó que este tipo de contaminación es muy común.

“Si Deltacron fuera un producto de la contaminación, la secuenciación debería haber arrojado secuencias de Ómicron con mutaciones similares a Delta, ya que Ómicron tiene su propia mutación que obstaculiza el cebador. El argumento de la contaminación del laboratorio fue encabezado por las redes sociales sin considerar nuestros datos completos y sin proporcionar ninguna evidencia real y sólida de que no es real”, insistió Kostrikis.

Otros investigadores también opinaron del tema y señalaron que incluso, si las secuencias no fueran el resultado de la contaminación, las mutaciones identificadas por Kostrikis no son exclusivas de Ómicron y se encuentran en otras variantes, lo que hace que Deltacron sea un nombre inapropiado.

Kostrikis, por su parte, afirmó que se encuentra “en el proceso de investigar todas las opiniones cruciales expresadas por destacados científicos de todo el mundo sobre mi reciente anuncio”. Asimismo indicó que planea enviar la investigación para revisión por pares.

El doctor Gonzalo Pérez Marc (MN 110.813), médico pediatra e Investigador Principal del Hospital Militar Central, consultado por Infobae expresó que “no hay evidencia muy seria respecto a que exista una variante Deltacron que mezcle las características genéticas de la variante Delta con la variante Ómicron. Parece haber sido más una contaminación de la muestra o una mala interpretación de lo que estaban observando”, dijo.

Además aclaró que se comunicó muy brevemente a través de la prensa y no en un artículo científico. “La comunidad científica no le dio mucha trascendencia al tema. No lo seguimos porque como no había una forma de comunicación hacia los pares en una revista científica como corresponde es un tema que quedó dado por hecho que en realidad estaba mal comunicado”, concluyó Pérez Marc.

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