Cómo se hace hoy el análisis genómico de las variantes de COVID-19 presentes en la Argentina

El nuevo paso es la revisión de las muestras de Delta y otras variantes para identificar sublinajes. Los investigadores del Ministerio de Ciencia y del Instituto Malbrán explicaron a Infobae el proceso

En la Argentina, la variante Delta se detectaba en el 28% de los casos de COVID-19 hasta la semana pasada, según el Ministerio de Salud de la Nación
En la Argentina, la variante Delta se detectaba en el 28% de los casos de COVID-19 hasta la semana pasada, según el Ministerio de Salud de la Nación

Desde el inicio de la pandemia, la variante Delta del coronavirus ha sido la más transmisible hasta el momento. Es la que predomina en los casos confirmados de personas con COVID-19 en más de 180 países, y ahora tiene una descendiente que está creciendo en frecuencia en las muestras analizadas en el Reino Unido. También se detectó en Israel, Rusia, Dinamarca y los Estados Unidos. En la Argentina, científicos ahora están revisando los datos de las muestras analizadas de los casos recientes de COVID-19 para identificar si esa “nieta” de Delta, que también llaman Delta plus, ya se encuentra dentro del territorio.

Técnicamente, se lo conoce como el sublinaje “AY.4.2″. Desde el Proyecto País, la iniciativa de vigilancia genómica del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el doctor Humberto Debat dijo a Infobae: “En la Argentina, ya hemos detectado muestras con AY.4, pero aún no tenemos confirmado cuál es el sublinaje. Es decir, si son o no AY.4.2. Hasta el momento, no hemos encontrado que esos sublinajes AY.4 hayan aumentado su frecuencia en las muestras”. Además, mencionó: “Nuestra perspectiva sobre ese sublinaje es que aún no hay evidencia robusta que indique que esa descendiente de Delta se comporte de forma distintiva que otros sublinajes”.

El doctor Debat, que es investigador en virología del Conicet y el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), aclaró que los datos sobre un aumento de frecuencia de la descendiente de Delta están por el momento restringidos al Reino Unido. Son datos que “no se replican aun en otras regiones, y son preliminares y leves. Se habla en base a el reemplazo de otros sublinajes de una ventaja en términos de transmisibilidad del 10%. Estamos esperando datos más confiables desde ese país y si observa replicación en otras geografías y contextos epidemiológicos de ese eventual aumento de frecuencia de AY4.2″.

Como una descendiente de Delta aumentó su frecuencia en el Reino Unido y se la llamó AY.4.2, en la Argentina los científicos están revisando las muestras de pacientes con COVID-19 para detectar si está ese sublinaje (REUTERS/Dado Ruvic/Illustration/)
Como una descendiente de Delta aumentó su frecuencia en el Reino Unido y se la llamó AY.4.2, en la Argentina los científicos están revisando las muestras de pacientes con COVID-19 para detectar si está ese sublinaje (REUTERS/Dado Ruvic/Illustration/)

En tanto, desde el Instituto ANLIS/Malbrán, que depende del Ministerio de Salud de la Nación, la doctora Josefina Campos, que trabaja en la vigilancia genómica de las variantes a partir de muestras de pacientes con COVID-19 de todo el país y las personas ingresadas desde el exterior, comentó hoy a Infobae: “Cuando hacemos la secuenciación de las muestras, buscamos clados (grupos de virus similares) y variantes. Hasta ahora hemos observado un aumento de la frecuencia de muestras con la variante Delta en la Argentina. El 13 de octubre pasado, se hizo una reclasificación de las variantes y los sublinajes de Delta en la base de datos internacional y se incluyó al sublinaje AY.4.2. Si bien no es para alarmarse, hay que estar atentos. Por lo cual, ahora estamos haciendo una revisión de más de 500 muestras con la variante Delta ya analizadas en la Argentina para ver si algunas de las muestras contiene al sublinaje AY.4.2. Hasta el momento, ninguna de las muestras secuenciadas tiene el sublinaje″.

En el último reporte técnico de vigilancia genómica publicado el 5 de octubre del Instituto ANLIS/Malbrán, que depende del Ministerio de Salud de la Nación, en la semana del 22 de agosto el 2,1% de las muestras analizadas correspondían a casos de personas con COVID-19 con la variante Delta del coronavirus. Pero se advirtió que la frecuencia de la variante Delta había subido 6 veces hasta la semana del 19 de septiembre.

La variante Delta estaba en el 13% del total de 5.177 muestras que se han secuenciado a partir de personas que no habían viajado al exterior en septiembre. Pero días atrás, la directora nacional de Epidemiología e Información Estratégica de la cartera sanitaria, Analía Rearte, informó que “la circulación de Delta viene aumentando y va a seguir”. Según detalló la funcionaria a Infobae, “la circulación de Delta a nivel país está entre el 30 y el 40%” y siguen muy de cerca “algunos aglomerados urbanos que están por arriba del 35-50%”.

En Israel, el profesor Cyrille Cohen, jefe del laboratorio de inmunología de la Universidad de Bar-Ilan, dijo que el sublinaje AY4.2 es entre un 10% y un 15% más transmisible que su “abuelo” Delta.
En Israel, el profesor Cyrille Cohen, jefe del laboratorio de inmunología de la Universidad de Bar-Ilan, dijo que el sublinaje AY4.2 es entre un 10% y un 15% más transmisible que su “abuelo” Delta.

En otros países, también crece la atención sobre la descendiente de Delta. El profesor Cyrille Cohen, jefe del laboratorio de inmunología de la Universidad de Bar-Ilan, de Israel, había señalado días atrás que el sublinaje AY4.2 es entre un 10% y un 15% más transmisible que su “abuelo” Delta. “Por lo cual no es improbable que haya más casos en Israel y que simplemente no se hayan diagnosticado hasta el momento”, afirmó. Además, el profesor informó que ya se han detectado 56 “descendientes” de la variante de preocupación Delta.

En el Reino Unido, la Agencia de Seguridad Sanitaria también reportó que en el 6% de los casos confirmados de COVID-19 se había detectado a la descendiente de Delta en la semana del 27 de septiembre. Según el profesor François Balloux, catedrático de Biología de Sistemas Computacionales y director del Instituto de Genética del Colegio Universitario de Londres (la universidad pública conocida como UCL), ninguna de las mutaciones que tiene la descendiente de Delta es a priori un candidato obvio para aumentar la transmisibilidad viral. Aunque reconoció: “Pero hemos aprendido que las mutaciones pueden tener efectos diferentes, a veces inesperados, en diferentes variantes”.

En los Estados Unidos, también se la detectó, y en una serie de tuits el domingo pasado, el ex Comisionado de la Administración de Alimentos y Medicamentos de EE.UU. (FDA, por sus siglas en inglés), el doctor Scott Gottlieb, pidió una “investigación urgente” sobre este subtipo de la variante Delta. Dijo que era un “recordatorio de que necesitamos sistemas robustos para identificar, caracterizar nuevas variantes”.

En el Reino Unido, se reportó que en el 6% de los casos confirmados de COVID-19 se había detectado a la descendiente de Delta en la semana del 27 de septiembre (EFE)
En el Reino Unido, se reportó que en el 6% de los casos confirmados de COVID-19 se había detectado a la descendiente de Delta en la semana del 27 de septiembre (EFE)

La variante Delta había sido detectada el 5 de octubre del año pasado en India y se propagó por los viajes de las personas a más de 180 países. “La variante Delta fue clasificada por la Organización Mundial de la Salud como variante de preocupación el 11 de mayo pasado. Por ahora, todo lo que tiene que ver con el linaje de Delta y sus derivados entra como variante de preocupación”, explicó a Infobae Carolina Torres, quien es también parte del Proyecto País e investigadora en virología de la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la Universidad de Buenos Aires y del Conicet.

“Aún no hay evidencia sólida sobre si el sublinaje AY.4.2 puede ser más transmisible que el resto de los linajes derivados de la variante Delta -afirmó la doctora Torres-. Ocurrió con otra variante, la denominada Epsilon, que se detectó con bastante frecuencia en California y otros estados de los Estados Unidos, pero después no se registró su aumento en otras regiones del mundo. Por lo cual, hay que seguir monitoreando la circulación. En Proyecto País, estamos haciendo estudios para confirmar la clasificación más fina dentro de los linajes derivados de Delta”.

Para Viviana Ré, investigadora del Conicet y profesora del Instituto Virologia Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de Córdoba, contó a Infobae que “ahora estamos analizando el genoma completo de las muestras de pacientes, pero aún no tenemos los resultados. Usamos esta técnica porque puede detectar con más detalles los linajes de las variantes. En cambio, con otras técnicas solo podemos decir si se trata de Delta o no. Con la secuenciacion del genoma completo se puede conocer los detalles sobre sus descendientes”.

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