En el área naval, la Prefectura Naval Argentina actúa con carácter exclusivo y excluyente en: mares, ríos, lagos, canales y demás aguas navegables de la Nación que sirvan al tránsito y comercio interjurisdiccional, y en los puertos sometidos a jurisdicción nacional.
En las costas y playas marítimas, intervendrá hasta una distancia de cincuenta (50) metros a contar de la línea de la más alta marea y en las márgenes de los ríos, lagos, canales y demás aguas navegables, hasta una distancia de treinta y cinco (35) metros a contar de la línea de la más alta crecida ordinaria.
Además, Prefectura Naval Argentina actuará en cualquier otro lugar del país, a requerimiento de la Justicia Federal.
Como policía de seguridad de la navegación
En este sentido, los efectivos de Prefectura deben intervenir en todo lo relativo a la navegación, haciendo cumplir las leyes que la rigen y siendo órgano de aplicación en el orden técnico de los convenios internacionales sobre seguridad de la navegación y de los bienes y de la vida humana en el mar.
Entre otras cosas, deben dar entrada y salida a los buques; controlar la seguridad de su amarre, la del tránsito portuario y la de la navegación; entender en la extracción, remoción o demolición de buques y aeronaves o sus restos náufragos que se hallen hundidos o encallados, constituyendo un obstáculo o peligro para la navegación marítima o fluvial. Además interviene en la asistencia y salvamento de buques, aviones, vidas y bienes en aguas jurisdiccionales.
Prefectura también ejerce en la jurisdicción administrativo-policial: debe instruir sumarios por naufragios, colisiones, varaduras y otros acaecimientos de la navegación ocurridos a buques argentinos o extranjeros; puede juzgar las faltas o contravenciones de seguridad náutica y las contravenciones policiales de seguridad pública dentro de competencia asignada por el Código de Procedimientos Criminales para la Capital Federal y Territorios Nacionales.
Como policía de seguridad
En esta función, los efectivos deben mantener el orden público y contribuir a la seguridad del Estado; garantizar en tiempo de paz y contribuir en caso de conmoción interior o conflicto internacional a la seguridad interna de los puertos y a la de las vías navegables y prevenir la comisión de delitos y contravenciones.
También tienen que identificar a las personas que entren o salgan del país por vía marítima, fluvial o aérea en su jurisdicción, y a las que habiten o trabajen dentro de los límites de aquella; debe prestar el auxilio que le requieran las autoridades competentes; dar auxilio en los casos de inundaciones y otros siniestros; y colaborar con su servicio de comunicaciones con las distintas autoridades policiales.
Como policía judicial
En esta función Prefectura podrá, con aprobación del comandante en jefe de la Armada, realizar convenios con las policías nacionales y provinciales, con fines de cooperación, reciprocidad y ayuda mutua que faciliten la actuación policial.
Deberá intervenir en todos los casos de delitos y practicar las diligencias necesarias para comprobar los hechos ocurridos y descubrir y detener a sus autores y partícipes, con los deberes y derechos que a la policía otorga el Código de Procedimientos Criminales para la Capital Federal y Territorios Nacionales.
Instruirá sumarios por naufragio, colisiones, varaduras y demás siniestros que ocurran en aguas de jurisdicción nacional y a los sucedidos a los buques de bandera argentina en mar libre, con intervención judicial cuando el hecho prima facie configure delito.
Realizará sumarios por delitos ocurridos en el recinto de los edificios ocupados por sus unidades emplazadas fuera de su ámbito de actuación, con intervención del juez competente.
Dará cumplimiento, como fuerza pública, a todo mandato judicial.
Intervendrá en lo que sea de su competencia en todo lo relativo a caza y pesca marítima y contribuir al cumplimiento de las leyes y reglamentos nacionales que rijan la actividad.
Actuará en el restablecimiento del orden y la tranquilidad pública fuera de su jurisdicción cuando así lo disponga el Poder Ejecutivo.
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