Nacido en Asunción el 23 de julio de 1962, Federico Franco pertenece al Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA), el principal apoyo de Lugo hasta el jueves, cuando su presidente, Blas Llano, anunció que se lo retiraba y posibilitó así el juicio político del mandatario.
Antes de asumir la Presidencia, fue concejal (1991-1996) e intendente municipal de la ciudad de Fernando de la Mora (1996-2001), vecina de Asunción, y después, de 2003 a 2007, gobernador del Departamento Central del país. En 2007 renunció como gobernador para preparar su candidatura junto a Fernando Lugo.
Médico de profesión, se declara católico y está casado con Emilia Alfaro, actual diputada por el PLRA y con quien tiene cuatro hijos, Luis, Claudia, Iván y Enzo.
Lugo y Franco llegaron al poder en 2008 gracias a una coalición conformada por varios partidos políticos, movimientos y sectores sociales denominada Alianza Patriótica para el Cambio, de la que el PLRA era la mayor fuerza. Enseguida, se distanciaron por diferencias ideológicas.
Franco rozó, casi desde el primer día, con el entorno palaciego del presidente, dominado por referentes de agrupaciones minoritarias de izquierda de la coalición gobernante.
Además como vicepresidente y presidente del Senado se opuso al ingreso de Venezuela al Mercosur, que está trabado precisamente por eso, pues los parlamentos de los otros tres miembros del bloque lo han ratificado, y dijo en repetidas ocasiones que sólo lo aceptará si el presidente venezolano, Hugo Chávez, "demuestra signos de cambio hacia una democracia".
Franco realizó estudios primarios y secundarios en Asunción y después ingresó en la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de Asunción. En 1986 recibió el título de Médico Cirujano y luego hizo un postgrado en Medicina Interna.
La familia Franco posee un sanatorio en la ciudad de Fernando de la Mora, llamado Sanatorio Franco, que pertenece a él y sus hermanos, donde trabajan desde su creación.
En 1990 y 1991 se desempeñó como jefe de internos y de residentes en el Hospital de Clínicas y como jefe de guardia de urgencia, luego fue instructor de Semiología Médica (1991-1992), jefe de guardia del Hospital Nacional (1994-1996) y jefe de residentes de medicina interna del mismo lugar. Además fue jefe de sala de Clínica Médica del Hospital Nacional y jefe de sala de cardiología del mismo hospital.
El 24 de junio de 1991 entró en la Sociedad Paraguaya de Medicina Interna y fue miembro de la Comisión Directiva de la Sociedad Paraguaya de Medicina Interna.