De la madre de Hypatia no se tiene ningún registro pero se sabe que su padre, a quien ella adoraba, fue Teón de Alejandría, quien era un ilustre filósofo y matemático de esa época y que fue el maestro de Hypatia desde que ella fuera pequeña. Realmente Teón era una excepción y permitió que su hija se convirtiera en astrónoma filósofa y matemática, cosa que era sumamente inusual en un sistema en el que las mujeres no tenían derecho a la educación y sus vidas transcurrían en los espacios privados de sus casas, sus familias, sus amigas y de "las tareas femeninas".
Teón quiso que Hypatia fuera, dicho en sus propias palabras: "un ser humano perfecto" y por ello vigiló muy de cerca la educación de su mente y de su cuerpo. Cuentan los biógrafos de Hypatia que desde muy temprano en la mañana ella dedicaba varias horas al ejercicio físico, después tomaba baños que la relajaban y le permitían concentrar la mente para dedicarse, el resto del día, al estudio de las ciencias, la música y la filosofía. Al parecer este riguroso entrenamiento consiguió su objetivo pues a decir de Sócrates Escolástico, historiador de Hypatia, 120 años después de su muerte: "la belleza, inteligencia y talento de esta gran mujer fueron legendarios, superó a su padre en todos los campos del saber, especialmente en la observación de los astros".
Teón trabajaba en el Museo, institución dedicada a la investigación y la enseñanza que había sido fundada por Tolomeo, emperador que sucedió a Alejandro Magno, fundador de la ciudad de Alejandría. El Museo tenía más de cien profesores que vivían ahí y muchos más que asistían periódicamente como invitados. Hypatia entró a estudiar con ellos y aunque viajó a Italia y Atenas para recibir algunos cursos de filosofía se formó como científica en el Museo y formó parte de él hasta su muerte, llegando incluso a dirigirlo alrededor del año 400.
Hypatia se dedicó, durante veinte años, a investigar y enseñar Matemáticas, Geometría, Astronomía, Lógica, Filosofía y Mecánica en el Museo, ocupaba la cátedra de Filosofía platónica por lo que sus amigos y compañeros la llamaban "la filósofa". Ganó tal reputación que al Museo asistían estudiantes de Europa, Asia y África a escuchar sus enseñanzas sobre "la Aritmética de Diofanto" y su casa se convirtió en un gran centro intelectual. Citando nuevamente a Sócrates Escolástico: "consiguió un grado tal de cultura que superó con mucho a todos los filósofos contemporáneos.
Heredera de la escuela neoplatónica de Plotinio, explicaba todas las ciencias filosóficas a quien lo deseara. Con este motivo, quien deseaba pensar filosóficamente iba desde cualquier lugar hasta donde ella se encontraba... pero a más de saber filosofía era también una incansable trabajadora de las ciencias matemáticas".
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