Отсутствие генетических данных о COVID может замедлить открытие следующего варианта

Если научное сообщество узнало что-то о SARS-CoV-2, коронавирусе, вызывающем заболевание COVID-19, так это то, что вирус мутирует и адаптируется, чтобы выжить, увеличивая свою инфекцию.

Его генетический код медленно менялся по мере того, как он передавался от человека к человеку по всему миру. Большую часть этого времени мутации не казались значительными с точки зрения опасности вируса. Некоторые из этих мутаций даже ослабляют вирус.

Однако появились варианты, заслуживающие внимания. Некоторые из них классифицируются как представляющие интерес, а другие вызывают озабоченность в связи с их большей передаемостью или возможность увеличения числа случаев, требующих госпитализации или снижения эффективности вакцин и лечения.

Для обнаружения этих изменений были созданы международные платформы, которые позволяют обмениваться генетическими данными, обнаруженными о коронавирусе, для выявления новых вариантов, которые могут возникнуть.

Но несколько ученых недавно предупредили, что пробелы в данных генома могут затруднить поиск следующего варианта COVID. Секвенирование геномов SARS-CoV-2 помогло исследователям отслеживать развитие вируса, но многие страны не делятся всеми своими данными.

Согласно глобальному анализу геномного надзора , во многих странах, в которых геномы последовательности SARS-CoV-2 разделяют только часть из них в публичных хранилищах, а во многих последовательностях отсутствует важная информация. Но исследование также показало, что, несмотря на эти проблемы, страны стали быстрее обмениваться видеоматериалами во время пандемии.

Открытый обмен данными секвенирования генома из образцов SARS-CoV-2 позволил исследователям отслеживать развитие вируса и стал отличительной чертой пандемии. Но исследователи обеспокоены тем, что пробелы в данных могут затруднить обнаружение следующего тревожного варианта COVID-19 и помешать усилиям по быстрому реагированию на него.

В исследовании, опубликованном на этой неделе в журнале Nature Genetics, исследователи собрали геномные данные, загруженные в общедоступные репозитории, включая GISAID, в период с начала пандемии до 31 октября 2021 года, включая примерно 4,9 миллиона геномов из 169 стран.

Они сравнили эти последовательности с официальными отчетами отдельных стран и обнаружили, что из 62 стран, представивших эти данные, в 23 (более трети) увеличилось менее чем на 50% их последовательностей интересующих вариантов альфа, бета, гамма и дельта. Около четверти стран загрузили менее 25% своих последовательностей.

«Отсутствие обмена — глобальная проблема. Дело не только в богатой или бедной стране», — говорит соавтор Эндрю Азман, эпидемиолог инфекционных заболеваний Университета Джонса Хопкинса в Балтиморе, штат Мэриленд.

Наказать прозрачность

Авторы предлагают несколько причин, по которым некоторые страны могут не делиться всеми своими потоками в публичных репозиториях. «Некоторые образцы, возможно, вообще не были секвенированы, потому что есть способы идентифицировать вызывающие беспокойство варианты без секвенирования всего генома», — говорит Азман. «И в зависимости от технологии секвенирования, которую использовали исследователи, некоторые образцы, вероятно, были недостаточно качественными для загрузки», — говорит Синтия Салома, молекулярный биолог из Дилиманского университета Филиппин в Кесон-Сити.

Но некоторые из неразделенных последовательностей, вероятно, будут сохранены по политическим причинам, включая последствия того, что она стала первой страной, сообщившей о новом варианте беспокойства. «Большинство стран, которые делятся такими данными, как правило, страдают от этого», — говорит Ннаемека Ндодо, молекулярный биоинженер из Нигерийского центра по контролю за заболеваниями в Абудже. Например, когда исследователи из Южной Африки и Ботсваны предупредили мир о варианте Омикрон в ноябре прошлого года, большое количество стран ответили закрытием своих границ с регионом.

В некоторых странах правительства должны проверить и утвердить последовательности, прежде чем загружать их. По словам Малавиге, правительства стран, зависящих от туризма, «могут попросить свои лаборатории не делиться данными из-за того, какое влияние они окажут». Но Азман утверждает, что обмен данными — это только часть истории. Некоторые страны разделяют большую долю своих образцов, но они секвенировали только горстку геномов, говорит он.

Исследователи обнаружили, что 87 стран регулярно секвенировали образцы, но 31 - нет, и команда не смогла найти информацию о стратегиях геномного эпиднадзора для других 76. Во всем мире не более 4,5% подтвержденных случаев COVID-19 были секвенированы каждую неделю с сентября 2020 года, с большими расхождениями между регионами: от 3,4% геномов, секвенированных в Европе в течение периода исследования, до 0,1% в Восточном Средиземноморье. В некоторых странах, включая Норвегию, Соединенное Королевство и Канаду, секвенировали не менее 10% совокупных случаев заболевания.

Данные о данных

В исследовании также оценивалось качество метаданных, загруженных в GISAID 169 странами. Было установлено, что 63% последовательностей не включали информацию о возрасте и поле человека, у которого были взяты образцы, а более 95% не имели клинической информации, такой как тяжесть симптомов и статус вакцинации инфицированного человека. Страны с более высоким уровнем дохода обычно предоставляют меньше метаданных, чем регионы с низким уровнем дохода.

По словам исследователей, метаданные особенно важны при появлении нового варианта, для оценки того, кто подвергается наибольшему риску, насколько хорошо будут работать существующие вакцины и лекарства и условия, которые могли привести к их появлению.

Опять же, может быть много причин для пробелов в информации, таких как опасения по поводу конфиденциальности данных и тот факт, что сбор метаданных не успевает за последовательностью выборок. Иногда в образце могут отсутствовать метаданные, но они поступают из отдаленной провинции, поэтому слишком ценно не делиться ими, говорит Нино Сусанто, биоинженер, которая руководит лабораторией тестирования на COVID-19 GSI Lab в Джакарте.

Несмотря на проблемы с обменом данными, исследование также показало, что страны стали быстрее обмениваться последовательностями во время пандемии. В 2020 году исследователям в большинстве стран потребовалось в среднем почти три месяца, чтобы собрать, упорядочить и загрузить геномные данные в общедоступные репозитории (см. Ускорение). Однако это было сокращено до 20 дней, когда в 2021 году появился вариант Delta.

ПРОДОЛЖАЙТЕ ЧИТАТЬ: