En una situación fuera de lo común, la Policía Nacional de Colombia depende del Ministerio de Defensa, por lo que el puesto que ostenta su director, Oscar Naranjo, tiene la misma relevancia que los otros altos mandos de las FFAA. De hecho, fue el propio naranjo quien encabezó algunos de los golpes más importantes obtenidos contra las FARC: la operación "Jaque", que liberó a la ex candidata presidencial Ingrid Betancourt, y la "Fénix", que mató a uno de los jefes guerrilleros conocido como Raúl Reyes. Naranjo asumió su cargo el 17 de mayo de 2007, durante el gobierno del ex presidente Uribe.
El último martes 6 de septiembre, el presidente colombiano Juan Manuel Santos renovó la cúpula de las Fuerzas Armadas. El cambio llegó una semana después de la renuncia de Rodrigo Rivera al frente del Ministerio de Defensa y el posterior nombramiento de Juan Carlos Pinzón en su lugar. El mandatario designó al general Alejandro Navas como comandante del cuerpo y confirmó que el saliente almirante Edgar Cely Núñez será embajador en Dominicana.
El general Javier Pérez fue designado como jefe del Estado Mayor Conjunto. Al comando del Ejército llegaría el general Sergio Mantilla, mientras que al comando de la Fuerza Aérea lo hará el general Tito Saúl Pinilla. Por parte de la Armada Nacional, el vicealmirante Roberto García Márquez reemplazará al almirante Álvaro Echandía Durán. Otra de las novedades del anuncio de Santos radica en que con Navas el Ejército retomó liderazgo de la cúpula militar.
En este escenario de modificaciones cobra fuerza la permanencia de Naranjo. El sobreviviente fue uno de los gestores de la Comunidad de Policías de América (Ameripol) y el 14 de noviembre de 2007 se convirtió en su secretario ejecutivo. Tuvo muchos éxitos, sin embargo un escándalo protagonizado por su hermano ensombrece su historial. Juan David Naranjo fue capturado por narcotráfico en Alemania y hasta allí se trasladó el policía para visitarlo.
Además, Naranjo es uno de los seis jefes militares y policiales colombianos que continúan acusados por la Justicia de Ecuador por la "Operación Fénix", llevada a cabo el 1 de marzo de 2008 contra el campamento clandestino de "Raúl Reyes".
Si bien en marzo pasado, la Corte de Justicia de la provincia ecuatoriana de Sucumbíos sobreseyó por este caso al actual presidente de Colombia, Juan Manuel Santos, entonces ministro de Defensa, aún permanece abierto el proceso para los demás (entre ellos Naranjo) por violación a la soberanía nacional y por la muerte, entre otros, de un ciudadano de ese país.
Aun cuando Naranjo conserva su puesto, se esperan grandes cambios en el interior de la Policía que dirige.