El accionar represivo de las Fuerzas Armadas no se inició con la dictadura instaurada el 24 de marzo de 1976. El denominado Operativo Independencia comenzó en Tucumán más de un año antes –febrero de 1975–, en pleno gobierno constitucional de Isabel Martínez de Perón. La mandataria puso su firma en el Decreto 262/75, en el que recurría a los militares para "aniquilar el accionar de los elementos subversivos" del Ejército Revolucionario del Pueblo y de Montoneros que actuaban en territorio tucumano.
Cuando el conflicto con la guerrilla recrudeció en todo el territorio nacional, y mientras Isabel estaba de licencia médica, el presidente provisional Ítalo Argentino Luder dio un paso más allá y en octubre de 1975 rubricó los decretos 2770/71/72, que permitieron a las FFAA replicar lo hecho en Tucumán al resto del país.
Lo efectuado en Tucumán durante el Operativo Independencia y luego en todo el territorio por las Fuerzas Armadas fue una experimentación para lo que meses después sería el terrorismo de Estado durante el Proceso. Secuestros, torturas y desapariciones forzadas de personas fueron parte de la metodología utilizada.
Pese a que la represión se inició durante el gobierno peronista, la Justicia nunca convalidó la indagatoria de Isabel Perón para determinar su responsabilidad en los delitos de lesa humanidad. De hecho, la Cámara Federal de Tucumán rechazó un pedido para que la ex presidente sea llamada a declarar. Lo propio consideró el juez federal de instrucción Daniel Bejas, a cargo de la megacausa "Operativo Independencia".
Ahora, los fiscales Pablo Camuña y Patricio Rovira, que dependen de la kirchnerista Gils Carbó e intervienen en las causas de terrorismo de Estado en Tucumán, hicieron una presentación ante la Cámara de Casación Penal para que deje sin efecto la resolución de la Cámara Federal. Los funcionarios públicos buscan que Isabel Perón sea llamada a indagatoria, acusada de crímenes de lesa humanidad durante el Operativo Independencia.
La causa tiene 16 procesados e investiga los delitos de asociación ilícita, violaciones de domicilio, privaciones ilegales de libertad con apremios ilegales, vejaciones y torturas agravadas, violaciones, abusos sexuales y homicidios calificados en perjuicio de 270 víctimas. Entre los procesados está el ex gobernador de Malvinas, Mario Benjamín Menéndez.
Los fiscales consideraron que lo resuelto por la Cámara Federal tucumana es un "sobreseimiento de hecho" para la tercera esposa de Juan Domingo Perón y "veda toda posibilidad de continuar con la investigación" sobre la ex jefa de Estado, radicada en España hace varios años. Isabel junto a Perón, la fórmula presidencial que se impuso el 23 de septiembre de 1973 con casi el 62% de los votos. Perón falleció el 1 de julio de 1974 e Isabel se convirtió en la primera mujer presidente del país.
Tanto el juez Bejas como la Cámara Federal rechazaron imputar a Isabel Perón, ya que consideraron que el decreto de febrero de 1975 no fue una "aquiescencia" a los militares y que el Operativo Independencia fue una fase del plan de las Fuerzas Armadas para derrocar al gobierno posteriormente.
Por su parte, los fiscales Camuña y Rovira sostuvieron que "la firma del decreto presidencial N° 261/75 resulta crucial para el desarrollo del plan militar" e insistieron en responsabilizar a Isabel de lo ocurrido luego en Tucumán y en el resto del país.
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