En la década del 2000, el Boca de Carlos Bianchi marcó un antes y un después en los torneos cortos, luego de alcanzar un invicto de 40 encuentros que le permitió dar la vuelta olímpica del Torneo Clausura 1999. Sin embargo, el detalle es que la racha arrancó el 5 de mayo de 1998, con Carlos García Cambón como técnico interino y se extendió hasta el 6 de junio de 1999, con más de una temporada completa sin perder en los campeonatos locales.
El primer encuentro fue con triunfo por 4 a 2 ante Rosario Central y luego el que asumió fue Carlos Bianchi, quien mantuvo al equipo invicto por 39 encuentros. Fue así, que el club se consagró también campeón de América en el 2000, llegó a la fecha 17 del Torneo Clausura para enfrentar en Avellaneda a Independiente, en la que podía lograr el bicampeonato.
Finalmente, el equipo se consagró campeón antes de jugar, pero cayó por goleada 4 a 0 ante el "Rojo", en un encuentro que tuvo tres tantos de José Luis Calderón, el último desde la mitad de cancha, y el restante de Esteban Cambiasso, le dieron una victoria estupenda al local, que le cortó el invicto al visitante, aunque estos festejaron igual el campeonato y una racha que mantienen hasta la actualidad.