El operativo militar, que comenzó a la una y diez de la madrugada del lunes, hora paquistaní, fue seguido desde el comienzo por el presidente norteamericano y parte de su gobinete –entre ellos el vicepresidente Joe Biden o la secretaria de Estado, Hillary Clinton–, según ha informado la Casa Blanca.
Los comandos especiales de la Marina de los EEUU que llevaron a cabo este operativo, los Navy Seals, encontraron al lider de Al Qaeda en el piso tres de su mansión. Este encuentro no duró más de cinco segundos.
Acto seguido fue disparado en la cara y en pecho, lo que causó su muerte instantáneamente. Junto a él perdieron la vida otras tres personas, incluido su hijo. Rumores iniciales indicaban que una de estas personas era su joven mujer y que ésta había sido utilizada por Bin Laden como escudo humano, aunque luego esta versión se descartaría.
El mensaje "Geronimo EKIA" tiene una doble explicación. Ekia se trata de un acrónimo que significa en inglés Enemy Killed In Action (enemigo muerto en acción), mientras que Gerónimo fue el líder de los apaches en el siglo XIX, y considerado el enémigo número uno del país en su momento.