Harguindeguy, quien tenía 85 años, ocupó el Ministerio del Interior entre el 29 de marzo de 1976 y el 29 de marzo de 1981, durante la presidencia del dictador Jorge Rafael Videla.
El ex general de división era considerado uno de los "cerebros" de la última dictadura y el amplio radio de influencia de su cartera de Estado le permitía dominar amplias jurisdicciones del poder de entonces y tomar decisiones fundamentales.
Desde la reinstauración de la democracia y hasta los últimos años, Harguindeguy, quien fue beneficiado por indultos, había logrado eludir a la Justicia, pero finalmente fue detenido, acusado por crímenes de lesa humanidad, en este caso, cometidos en Entre Ríos, como muchos otros jerarcas de la dictadura de 1976-1983.