Les « bons » virus pourraient-ils nous aider à combattre les infections ?

Bien que le rôle des « bons » virus dans la santé humaine reste relativement mystérieux, nous découvrons progressivement l'importance de nos visiteurs viraux. Dans cette particularité, nous présentons une partie négligée du microbiome - le virome.

Avant l'apparition du coronavirus SARS-CoV-2, le rôle des bactéries et de notre microbiome dans la santé et la maladie était au premier plan de la recherche médicale mondiale.

Au cours de quelques années de recherche, les experts ont découvert que sans notre flotte personnelle de micro-organismes « amis » appelés microbiome, nous ne pourrions pas prospérer. Lorsque nous entendons le mot « microbiome », nous pensons immédiatement aux bactéries, mais techniquement, le microbiome est la somme de tous les microorganismes présents dans un environnement donné. Certains scientifiques utilisent ce terme pour désigner la somme du matériel génétique de ces microorganismes.

Ainsi, en plus des bactéries, le microbiome comprend également des virus (le virome) et des champignons (le mycobiome), entre autres visiteurs. À ce jour, les scientifiques ont accordé relativement peu d'attention au virome ou au mycobiome.

Les virus se sont installés dans diverses niches écologiques du corps humain, en particulier sur les muqueuses, telles que l'intérieur du nez et de la bouche et la muqueuse de l'intestin. Dans ce rôle, nous nous concentrerons sur le virome intestinal car il abrite le plus grand nombre d'occupants viraux et d'autres recherches ont été menées.

Bien entendu, les virus sont surtout connus pour causer des maladies telles que la COVID-19, la grippe, la variole, l'hépatite, le VIH et la rage. En raison de l'urgence associée à la maladie virale, cet aspect a absorbé la plupart du temps des chercheurs. Cependant, de nombreux virus n'ont pas le moindre intérêt pour les cellules humaines. Compte tenu de ce que nous savons maintenant des virus et de leur potentiel létal, l'idée d'en inhaler ou d'en avaler un pour traiter une infection semble être la dernière chose que nous voudrions faire. Mais c'est exactement ce que les médecins pourraient bientôt prescrire. En fait, on peut même vous conseiller de prendre un supplément de virus, comme vous le feriez avec un probiotique, pour stimuler vos « bons » microbes intestinaux.

Mais contrairement au coronavirus, les virus utilisés comme traitement ou mesure préventive n'attaquent et tuent que les bactéries. Ils n'attaquent pas les cellules saines. Connus sous le nom de phages, ils sont étudiés comme alternative aux antibiotiques pour traiter des affections telles que les infections des voies urinaires (IVU), l'acné, les ulcères du pied infectés et la tuberculose.

Des années avant la pénicilline, les scientifiques ont découvert que la phagothérapie était efficace et, surtout, qu'elle ne comportait pas d'effets secondaires. Lorsque des antibiotiques ont été découverts, la phagothérapie est passée au second plan. Les antibiotiques pouvaient être fabriqués relativement facilement et tuer un large éventail d'espèces bactériennes. Cependant, avec les capacités de pointe actuelles et le contexte redoutable de résistance aux antibiotiques, l'intérêt pour la phagothérapie pourrait refaire surface.

Superbactéries

Grâce à des décennies d'utilisation généralisée d'antibiotiques, un nombre croissant de bactéries mutent en organismes létaux résistants à nos médicaments disponibles. « Le potentiel de la phagothérapie est énorme pour toute personne atteinte d'une infection résistante aux antibiotiques », déclare le Dr Joanne Santini, professeur de microbiologie à l'University College de Londres qui mène de nouvelles recherches, préoccupée par la montée des superbactéries.

En fait, dans une histoire remarquable, en janvier, des médecins géorgiens ont rendu compte du succès de la phagothérapie pour une victime de 30 ans de l'attentat suicide à l'aéroport de Bruxelles en 2016. La patiente, qui avait subi cinq opérations, prenait des antibiotiques depuis près de deux ans en raison d'une infection dans une plaie à la cuisse : elle avait été infectée par une superbactérie, Klebsiella pneumoniae, et ne guérissait pas.

Mais quelques semaines après avoir ajouté un phage à son médicament, le fémur cassé a commencé à se réparer et elle peut maintenant marcher et faire du vélo, selon la revue Nature Communications. Les recherches les plus récentes suggèrent également que les phages peuvent rendre les antibiotiques actuels plus efficaces plus longtemps. Et une équipe de microbiologistes a proposé de créer la première « banque » de phages du Royaume-Uni pour stocker les phages, afin qu'ils soient prêts à être utilisés par d'autres chercheurs et médecins en cas de besoin.

Des scientifiques tels que le Dr Ben Temperton affirment que la population peut aider à découvrir des phages vitaux (virus qui tuent les bactéries) grâce à la page de la bibliothèque de phages Citizen. « L'objectif est de créer une base de données de phages afin que si un patient a besoin d'un traitement, une ressource nationale puisse l'offrir rapidement », a déclaré Temperton, professeur agrégé de microbiologie à l'Université d'Exeter, qui a créé le projet.

« Les gens reçoivent des kits contenant trois bocaux en verre. Ils les remplissent d'eau provenant de leurs zones locales, telles que des étangs ou des rivières, et les renvoient à notre laboratoire. Nous filtrons les bactéries et il ne reste plus que les virus. Nous les ajoutons à un échantillon de bactéries pour lesquelles nous voulons trouver des phages ; s'il y a des phages dans l'échantillon qui tuent les bactéries, leur nombre augmentera. Les phages sont vérifiés pour s'assurer qu'ils ne contiennent aucun gène dangereux, puis ajoutés à la base de données. Ils sont stockés dans de l'azote liquide et, si nécessaire, d'autres seront cultivés. Le processus est peu coûteux et prend deux à trois semaines, contrairement au temps et à l'argent nécessaires pour développer de nouveaux antibiotiques », a ajouté l'expert.

Curieusement, l'expert déclare que chaque personne peut nommer son propre phage : « Mon fils de 10 ans a été l'un des premiers à attraper un phage, près de chez nous dans le Devon, sur la rivière Lemon. Il l'a appelé LemonAid. »

LemonAid infecte et tue Acinetobacter baumannii, que l'Organisation mondiale de la santé classe parmi les bactéries résistantes aux médicaments qui constituent la plus grande menace pour la santé humaine. De plus, un phage appelé KylieMinEgg a été isolé d'un poulailler et a également éliminé la bactérie Pseudomonas aeruginosa de patients atteints de mucoviscidose. Une initiative qui promet d'être porteuse d'espoir pour le bien de la santé humaine.

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