La detención se enmarca en la causa "Primer Cuerpo de Ejército", donde se investigan violaciones a los derechos humanos en la última dictadura militar.
En el allanamiento al domicilio de
fueron secuestradas copias de actas labradas en las que se dejaba constancia del contenido de las reuniones mantenidas por la Junta Militar, Organigramas de la Fuerza Aérea, Reglamentos y Directivas del accionar de dicha Fuerza en el despliegue represivo.
Según el CIJ, Rafecas indagó a Graffigna por la privación ilegal de la libertad de Patricia Julia Roisinblit y José Manuel Pérez Rojo, secuestrados el 6 de octubre de 1978 y alojados en la Regional de Inteligencia de Buenos Aires (RIBA), sede Morón, donde permanecieron al menos hasta el 14 de noviembre siguiente; ambos se encuentran desaparecidos.
Patricia, hija de Rosa Roisinblit, vicepresidente de Abuelas de Plaza de Mayo, estaba embarazada de ocho meses al ser detenida. Dio a luz en la ESMA a un varón que conoció su verdadera identidad recién en 2001, a los 23 años.
Graffigna era en el momento del secuestro jefe del Estado Mayor General de la Fuerza Aérea y por lo tanto superior del ya fallecido Francisco Salinas, brigadier de la Fuerza Aérea, a cargo de la Jefatura de Inteligencia de la Fuerza Aérea, a su vez superior del jefe de la Regional de Inteligencia de Buenos Aires de Morón, al mando de la cual se encontró la mayor parte de su funcionamiento el comodoro de la Fuerza Aérea, también fallecido, Roberto Oscar Sende.
La Regional de Inteligencia o RIBA formó parte del circuito represivo desplegado en la llamada Subzona 16, que comprendía los partidos de Morón, Merlo y Moreno, y que tuvo por epicentro el centro clandestino de detención y tortura conocido como Mansión Seré, Castelar, como también a la Primera Brigada Aérea de Palomar, la VII Brigada Aérea de Morón, la Comisaría de Castelar, la Comisaría de Haedo y la Comisaría Primera de Morón.
Rafecas analizará si la imputación a Graffigna quedará acotada a su intervención en la privación ilegal de la libertad de Pérez Rojo y Roisinblit o si extiende su responsabilidad como jefe del Estado Mayor del Ejército por las casi cien víctimas de la Subzona a cargo de la Fuerza Aérea.
Graffigna es uno de los 46 militares argentinos incluidos en julio de 2003 por el entonces juez español Baltasar Garzón en una orden de captura internacional con vistas a enjuiciar en España a los procesados por delitos de lesa humanidad cometidos durante la dictadura.