La iniciativa, que siguió a una operación parecida llevada a cabo este mes en los EEUU contra una web similar pero de un tamaño muy superior, Megaupload, fue el resultado de las quejas de compañías de software como Microsoft o Adobe, dijo la policía.
Ex.ua era responsable del 25% del tráfico en internet dentro de Ucrania.
"Durante un registro de los centros de datos y las oficinas de los (propietarios) de la web, la policía confiscó numerosas computadoras (...) incluso 200 servidores que contenían unos 6.000 terabytes de información en total", dijo el Ministerio del Interior en un comunicado.
"La policía ha detectado que la web estaba dirigida por un ciudadano de Letonia", añadió.
El ministerio dijo que 16 personas que habían trabajado en la agencia estaban siendo investigadas, pero no aclaró cuántas habían sido detenidas, si es que se había producido alguna detención.
Según las leyes ucranianas, los propietarios de los sitios web podrían ser condenados a hasta cinco años en prisión si se les declara culpables, dijo.
Ex.ua tiene millones de usuarios, según la policía. La mayoría se conectan desde Ucrania.