La Copa Argentina se jugó en 1969 por primera vez, con Boca Juniors como campeón del certamen. En aquella edición, los participantes fueron todos los equipos que jugaban en Primera División, a excepción de Estudiantes, Vélez y River Plate, que en ese momento estaban disputando la Copa Libertadores. En tanto, los otros clubes fueron Almagro, campeón de la Primera B (hoy conocida como B Nacional) y trece cuadros del interior del país, invitados para la ocasión. Entre ellos: Altos Hornos Zapla de Jujuy, Guaraní Antonio Franco de Misiones, Sarmiento de Santiago del Estero.
En aquella competencia fueron 32 equipos, divididos en 16 llaves de dos. Los ganadores pasaron a una instancia de octavos de final, para luego dar lugar a los cuartos, las semifinales y la final, respectivamente. Todos los partidos del torneo fueron con encuentros de ida y vuelta y el campeón fue Boca, que venció a Atlanta por 3 a 1 en el primer juego y cayó 1 a 0 en el segundo.
Al año siguiente, en 1970, fue el mismo sistema. Los cuadros de Primera División, el campeón de Primera B y los conjuntos invitados del interior. Sin embargo, la diferencia es que esta edición no hubo campeón, ya que después de la primera final entre Vélez y San Lorenzo, que terminó empatada 2 a 2, no hubo encuentro revancha y el certamen quedó inconcluso.
Por último, el antecedente más cercano es el sistema que se implementó en 1993, cuando se jugó la Copa Centenario, en homenaje a los 100 años de la Asociación del Fútbol Argentino. En aquella competencia, el que se consagró fue Gimnasia La Plata, que derrotó en la final a River Plate por 3 a 1. Aunque a diferencia de la Copa Argentina de finales del 60', el torneo solamente contó con la participación de los equipos de Primera División.
Ahora, la nueva versión también denominada Copa Argentina se distinguirá por incluir a todos los clubes desde Primera B Nacional hasta el Argentino B, los cuales se eliminarán entre sí para después intentar robarle el protagonismo a los de Primera División. La historia marca que el equipo que más lejos llegó – sin ser de Primera División - en esta clase de competencia fue All Boys de Santa Rosa (La Pampa), semifinalista en 1970.