El 25 de enero de 1999, tras cumplir 75 años de edad, había puesto fin a su trabajo de 40 años en la diócesis de San Cristóbal de las Casas, una de las de mayor presencia indígena de México, en el estado de Chiapas. Se fue a vivir al estado de Querétaro, pero siguió activo, ya fuera como defensor de los derechos humanos, en presentaciones de libros o en cuestiones eclesiales.
Ruiz era conocido por los indígenas de manera cariñosa como "Tatic" (gran padre) o como "El Caminante". Los sectores más conservadores de Chiapas lo llamaban el "obispo rojo".
Pese a haber sido un obispo polémico, siempre se mantuvo fiel a la Iglesia católica.
"De lo que no queda duda y pese a las contradicciones del camino, es la gran fidelidad a la Iglesia que Samuel Ruiz ha demostrado a lo largo de su trayectoria, según reconocen sus hermanos obispos", escribió el investigador Carlos Fazio en su biografía Samuel Ruiz. El Caminante.
Nacido el 3 de noviembre de 1924 en Irapuato, Ruiz fue mediador entre el gobierno mexicano y la guerrilla indígena zapatista, encabezada por el "subcomandante Marcos", en un intento por lograr una salida pacífica al conflicto que sigue sin resolverse.
El trabajo evangelizador del "Tatic" fue señalado por sus detractores como uno de los factores que propició el surgimiento del movimiento armado.
"Don Samuel" organizó durante sus 40 años de obispo en San Cristóbal a más de 8.000 catequistas indígenas para evangelizar a las comunidades asentadas en la zona, que enseñaron también a los indígenas a organizarse para mejorar sus vidas.
"El caminante" comenzó su marcha desde el corazón católico de México cuando a los 13 años ingresó al seminario de León, en el central estado de Guanajuato. En 1947 fue enviado a estudiar teología a la Universidad Gregoriana de Roma y en 1959 llegó al sur indígena y pobre de México como obispo.
"Nada presagiaba el indigenismo de Samuel Ruiz durante los primeros 35 años de su vida", escribió el historiador mexicano Enrique Krauze en un análisis de la trayectoria del obispo.
Participante en el Concilio Vaticano II, en la reunión de la segunda Conferencia Episcopal Latinoamericana (Celam) de la ciudad de Medellín, en Colombia, así como de la reunión de Puebla, Ruiz abrazó con otros religiosos en los años 70 la teología de los pobres.
Su labor humanitaria y su defensa del derecho a la dignidad de los indígenas fueron distinguidas por varios organismos de derechos humanos, que una y otra vez desde 1994 lo propusieron para el Nobel de la Paz.