14 de febrero de 2012: Boca debutó en la Copa Libertadores ante el Zamora de Venezuela. En un momento del partido, Julio Falcioni le dio a una indicación táctica a Darío Cvitanich que éste desobedeció por una supuesta orden de Juan Román Riquelme (luego Walter Erviti dijo ser quien había desautorizado al DT). Allí comenzó la interna de los referentes del plantel contra el técnico.
Desde allí hasta la previa de la final en Brasil, los días del plantel transcurrían dentro de un clima exitoso pese a que el sueño de la Triple Corona había quedado trunco cuando el equipo perdió la posibilidad de obtener el Torneo Clausura que peleó hasta la anteúltima fecha.
Sin embargo, el objetivo principal del semestre, que siempre fue la Copa Libertadores, seguía en pie para el "xeneize", que dejó en el camino a la Unión Española, al Fluminense y a la Universidad de Chile con muestras de buen fútbol y con un Riquelme inspirado que manejaba los hilos del equipo.
Los rumores de malas relaciones, la baja de Facundo Roncaglia para la revancha de la final, el desafío de Riquelme y Schiavi para que el joven defensor viajara a Brasil, los enojos de Pablo Mouche por ser siempre el primer cambio pese a su buen rendimiento y el déficit goleador de Santiago Silva, entre otras cosas, provocaron la implosión del plantel que estalló luego hacia afuera tras la derrota en Brasil.
El presidente del club, Daniel Angelici, también fue determinante para la renuncia de Riquelme: el día anterior a la final, dijo en una entrevista que "no le haría un contrato de por vida" al enganche porque, explicó: "El club está por encima de los hombres y de los nombres".
5 de julio de 2012: Esto y la imposibilidad de ganar la Copa Libertadores habría sido el factor determinante para que Riquelme dijera adiós y provocara en Boca una de las peores crisis de los últimos tiempos por el peso de su nombre y porque a partir de hoy tanto Angelici como Falcioni (quien nunca quiso al enganche en el plantel), sean apuntados por los hinchas como los principales responsables de la salida del último ídolo del club "xeneize".
El paso de Boca por la Copa Libertadores 2012:
Fue segundo en el Grupo 4 que compartió con Fluminense, Arsenal de Sarandí y Zamora. Resultados de la fase de grupos:
Zamora 0 - Boca 0
Boca 1 - Fluminense 2
Arsenal 1 - Boca 2
Boca 2 - Arsenal 0
Fluminense 0 - Boca 2
Boca 2 - Zamora 0
Resultados de octavos hasta la final:
Ida: Boca 2 - Unión Española 1
Vuelta: Unión Española 3 - Boca 2
Cuartos de final
Ida: Boca 1 - Fluminense 0
Vuelta: Fluminense 1 - Boca 1
Semifinal
Ida: Boca 0 - Universidad de Chile 0
Vuelta: Universidad de Chile 0 - Boca 2
Final
Ida: Boca 1 - Corinthians 1
Vuelta: Corinthians 2 - Boca 0