Goikoetxea, natural de Deba (Gipuzkoa), tiene experiencia en el fútbol femenino, ya que fue segundo entrenador del primer equipo de la Real Sociedad durante tres temporadas, entre 2018 y 2020.

Goikoetxea fue jugador de fútbol en el Basconia, Bilbao Athletic, Barakaldo y Real Unión, club con el que vivió el ascenso a Segunda División en 2009, temporada en la que fue máximo goleador. Posteriormente jugó en el Badalona, Amorebieta y Avirón Bayona.

Como entrenador comenzó su carrera como segundo del Real Unión, hasta incorporarse a la Real femenina en 2018 bajo las órdenes de Gonzalo Arconada.

Tras un periodo en la Selección de República Dominicana, regresó a tierras guipuzcoanas como analista del Real Unión, donde en 2023 se hizo cargo del banquillo tras la destitución de David Movilla y logró la permanencia en Primera RFEF.

En la pasada temporada (23-24) recaló como segundo entrenador en la SD Amorebieta de la Liga Hypermotion. EFE