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Venía de salir último en el Apertura 2008 pero la ilusión en el plano internacional estaba intacta. Retornaba al club Marcelo Gallardo y contrataron a Cristian Fabbiani, el delantero estrella del fútbol local en ese entonces, pero los resultados no fueron los esperados y ese fue el inicio de la peor crisis en la historia del club.

River regresará a disputar la Copa Libertadores luego de seis años. Su último partido fue el 30 de abril de 2009 en una goleada ante San Martín de Porres por 3 a 0 en el estadio Monumental por la última fecha de la fase de grupos, con el "Millonario" ya eliminado.

Aquella noche en un estadio semivacío Néstor Gorosito, el DT, eligió a Juan Ojeda (hoy en Gimnasia de Jujuy); Cristian Villagra (Rosario Central), Danilo Gerlo (libre), Nicolás Sánchez (Racing), Rodrigo Archubi (Sportivo Italiano); Robert Flores (Sport Recife de Brasil), Diego Barrado (Boca Unidos), Nicolás Domingo (Banfield), Rubens Sambueza (América de México); Gustavo Bou (Racing) y Gustavo Fernández (Laferrere).

En estos seis años, River vivió la peor crisis institucional y deportiva de su historia. Tras la eliminación y un mal comienzo en el Apertura, Gorosito dejó de ser el DT y llegó Leonardo Astrada. En diciembre hubo elección y Daniel Passarella se impuso por sobre Rodolfo D'Onofrio en un recuento polémico y reemplazó a José María Aguilar.

Con los nuevos aires comenzaron a aparecer las deudas de la gestión anterior, a los problemas económicos se sumaba una preocupación hasta el momento inédita: el promedio del descenso.

El equipo contaba con Marcelo Gallardo y Ariel Ortega pero no encontraba el rumbo, Astrada se fue y asumió Ángel Cappa, que venía de hacer lucir a Huracán. El Millonario terminó 13º en el Clausura 2010 y se despidió de local con 5 a 1 en contra ante Tigre. Gallardo y Ortega se fueron sin jugar.

A pesar de que demostró una mejora, siete partidos sin victorias terminaron con el ciclo de Cappa y Passarella le dio la oportunidad a un ídolo del club: Juan José López, que comenzó como interino. "JJ" sacó 15 de 18 puntos en juego, le ganó a Boca, terminó cuarto y se quedó con el puesto.

En el Apertura 2011, River se jugaba la permanencia y empezó con 22 puntos en las primeras 13 fechas, perdió con Boca 2 a 0 y el equipo se derrumbó. Sacó solo cuatro puntos –producto de cuatro empates- y debió jugar la promoción con Belgrano. Perdió en Córdoba, empató en el Monumental y por primera vez en la historia descendió a la B Nacional.

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Para jugar en la B Matías Almeyda pasó de ser jugador a técnico y volvieron Fernando Cavenaghi y Alejandro Domínguez, se sumaron Carlos Sánchez y Martín Aguirre entre otros. Y más tarde llegaron Leonardo Ponzio y David Trezeguet. El regreso a la máxima categoría fue rápido.

Otra vez en la A, Cavenaghi y Domínguez se fueron peleados con el presidente, que contrató a Marcelo Barovero, Gabriel Mercado, Ariel Rojas y Rodrigo Mora. Almeyda no hizo pie y Passarella olvidó sus diferencias con Ramón Díaz para que el riojano vuelva a ser el DT de River.

En diciembre de 2013, Rodolfo D'Onofrio ganó las elecciones y mantuvo al entrenador, contrató a Teo Gutiérrez, repatrió a Cavenaghi y luego de seis años gritó campeón en el Torneo Final 2014.

Ramón Díaz renunció, la nueva dirigencia con Enzo Francescoli como manager fue a buscar a Marcelo Gallardo. Con el nuevo DT, River recuperó la gloria internacional. Eliminó a Boca (no perdió en los ocho partidos de 2014) en las semifinales de la Sudamericana y ganó su primera Copa en 17 años. Luego venció a San Lorenzo en la Recopa y hoy vuelve a jugar la Libertadores.