Con diferentes buzos de entrenador, Gerardo Martino tuvo la posibilidad de visitar en varias ocasiones el estadio de Núñez y frente a Ecuador fue la primera vez con el de la Selección. En las primeras cuatro ocasiones, se enfrentó a River comandando a Libertad de Paraguay por torneos continentales.
Las primeras tres fueron con derrota y luego obtuvo un empate valioso que le permitió acceder a las Semifinales de la Copa Libertadores 2006. Más tarde estuvo cerca de dar el golpe con la Selección guaraní, pero el "Kun" Agüero impidió la caída argentina en las Eliminatorias camino a Sudáfrica 2010.
También tocó las puertas del cielo en la Copa América 2011, cuando se clasificó a la Final en la que cayó derrotado por el Uruguay de Tabárez con contundencia. Y antes de besar la lona con los ecuatorianos, había rescatado una igualdad 3-3 con Newell's, frente al River de Almeyda que venía de ascender.
Cabe aclarar que en el Clausura 2005, dirigiendo a Colón, cayó 3-2 como visitante del "Millonario", pero el encuentro se llevó a cabo en cancha de Vélez.
- SUDAMERICANA 2003
River 2-0 Libertad (Ameli y Coudet)
- LIBERTADORES 2003
River 3-1 Libertad (Fuertes -2- y Lucho González; Benítez)
- LIBERTADORES 2006
River 1-0 Libertad (Zapata)
Cuartos de Final
River 2-2 Libertad (Montenegro y Farías; Bonet -2-)
- ELIMINATORIAS 2010
Argentina 1-1 Paraguay (Agüero; Heinze en contra)
- COPA AMÉRICA 2011
Uruguay 3-0 Paraguay (Suárez y Forlán -2-)
- TORNEO INICIAL 2012
River 3-3 Newell's (Trezeguet, Mora y Rogelio Funes Mori; Pérez y Scocco -2-)